加班费基数是应发还是实发需要分情况讨论，首先看劳动合同是否有明确的约定，没有约定的情况下按照劳动合同约定的工资计算。加班工资不包括绩效工资，但是加班费与基本工资累计超过5000元的需要缴纳个人所得税。

一、加班费基数是应发还是实发

加班费基数是应发还是实发按照以下因素确定：

1.如果劳动合同中有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为加班费的计算基数。在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。

2.如果劳动合同明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费的计算基数。如果劳动合同的工资项目分为基本工资、岗位工资、职务工资等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以基本工资、岗位工资或职务工资单独一项作为计算基数。

3.实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。

4.加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。

二、加班工资包括绩效工资吗

加班工资不包括绩效工资。加班费基数基数按劳动合同规定的工资标准计算。加班工资和假期工资的计算基数为劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资，不包括年终奖，上下班交通补贴、工作餐补贴、住房补贴，中夜班津贴、夏季高温津贴、加班工资等特殊情况下支付的工资。

三、加班费要纳税吗

加班费需要缴纳个人所得税。加班费计入员工工资总额，合并计算个人所得税。根据《关于工资总额组成的规定》的规定，工资总额由下列六个部分组成：计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。

《中华人民共和国税收征收管理法》第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。

第二条凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。

第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。

任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。