在专利代理合同履行的过程中出现相应的合同纠纷，具体可以通过和解、调解、仲裁、诉讼的途径来进行处理。

1、和解。

和解是由争议各方根据合同约定的违约责任和各方实际情况，自行协商而不需通过司法程序解决纠纷的方式。和解是纠纷常见的解决方式。但由于和解协议缺乏的法律约束力，有些人可能会出尔反尔，使和解结果成为一纸空文，延误了纠纷的有效解决。

2、调解。

调解是由争议各方选择信任的第三方居中，就合同争议进行调解处理。调解通常是以各方互谅互让为原则进行。此方法解决纠纷的可能性较和解大一些，但由于调解协议与和解协议一样不具有强制性效力，也使得纠纷的解决难尽人意。

3、仲裁。

仲裁指争议各方根据合同中的仲裁条款或者纠纷发生以后达成的仲裁协议，将争议提交法定的仲裁机构，由仲裁机构依据仲裁规则居间进行居中调解，依法做出裁定的方式。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。并可根据生效的仲裁协议申请强制执行。

4、诉讼。

诉讼是解决合同争议的最后方式。是指人民法院根据争议双方的请求、事实和法律，依法做出裁判，藉此解决争议的方式。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。

一、专利代理合同纠纷的管辖

由于合同标的物所涉专利权的特殊性，最高人民法院对专利合同纠纷管辖作出了特殊规定，即知识产权案件的受理必须遵守司法解释关于指定管辖和级别管辖的相关规定最高人民法院《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第2条规定，各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院可以受理专利纠纷第一审案件。

另外，在确定专利合合同纠纷案件的管辖时要注意，其中的专利权转让合同纠纷、专利申请权转让合同纠纷，应当作为专利纠纷案件由具有专利案件管辖权的中级人民法院受理；专利实施许可合同纠纷则应当按照最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第43条第1、2款的规定确定管辖专利代理合同纠纷案件的管辖，司法解释并末作出明确规定，鉴于其专业性较强，可以作为最高人民法院《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第1条第(16)项规定的“其他专利纠纷案件”，即由具有专利案件管辖权的中级人民法院受理为宜。