工程质量纠纷的诉讼时效的起算情况比较复杂，尤其是涉及工程主体结构的质量纠纷。司法实践中有关工程质量案件，主要有涉及施工过程中和工程完工交付后的质量缺陷争议两类，工程质量案件涉及诉讼时效应注意的操作问题主要有：

1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为三年。

2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算;如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。

3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效，司法解释第13条对此有明确的规定。

4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：

(1)工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后二年;

(2)工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后二年;

(3)工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：

农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后二年;

城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后二年;

城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后二年，上述案件法律据此受理完全正确;

城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后二年。

5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后二年。

建设工程施工合同方面是容易发生一些纠纷的，因为这类型的合同一般所涉及到的法律关系都是非常的复杂的存在着承包转包，还有就是分包等相关的情况同时所涉及到的标的额也就比较大，因此发生一些纠纷的话，一定要注意一些诉讼时效方面的规定，切实的维护自身的合法权益。