一、行政机关是如何收取和管理行政许可费用的？

行政机关收取行政许可费用依照《行政许可法》的规定，按照公布的法定项目和标准收费；所收取的费用必须全部上缴国库。行政事业性收费项目和收费标准，必须按隶属关系分别报相关各级部门审批，重要的报国务院审批。

《乡镇企业负担监督管理办法》第五条

向乡镇企业的行政事业性收费项目和收费标准，必须按隶属关系分别报财政部、国家计委或省、自治区、直辖市人民政府审批，重要的报国务院审批。各省、自治区、直辖市人民政府审批的收费项目和收费标准，必须分别征得财政部和国家计委同意。

向乡镇企业收取行政事业性收费，必须出示物价部门核发的收费许可证，并填写企业交费登记卡，按照财务隶属关系分别使用财政部或省、自治区、直辖市人民政府财政部门统一制发的行政事业性收费票据。

二、行政机关如何对行政许可申请进行审查

行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。

行政机关对行政许可申请进行审查时，发现行政许可事项直接关系他人重大利益的，应当告知该利害关系人。申请人、利害关系人有权进行陈述和申辩。行政机关应当听取申请人、利害关系人的意见。

《行政许可法》第三十四条

行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。

申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式，行政机关能够当场作出决定的，应当当场作出书面的行政许可决定。

根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。

三、行政机关如何做出行政许可决定的

行政机关对申请许可的事项依法进行审查，申请人的申请符合法定条件、标准的，行政机关应当依法作出准予行政许可的书面决定。行政机关依法作出不予行政许可的书面决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。

《行政诉讼法》第十二条

人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：

（一）对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；

（二）对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；

（三）申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的；

《中华人民共和国行政诉讼法》（2017修正）：第二章　受案范围　　第十二条　人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：\n（一）对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；\n（二）对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；\n　　（三）申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的；\n（四）对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的；\n（五）对征收、征用决定及其补偿决定不服的；\n（六）申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的；\n（七）认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的；\n（八）认为行政机关滥用行政权力排除或者限制竞争的；\n（九）认为行政机关违法集资、摊派费用或者违法要求履行其他义务的；\n（十）认为行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障待遇或者社会保险待遇的；\n（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；\n（十二）认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。\n除前款规定外，人民法院受理法律、法规规定可以提起诉讼的其他行政案件。