因而，不少人认为，只有取消地方政府管理土地的权力，实行垂直管理体制，才能遏制地方政府的违法行为。虽然这个呼声已经好多年了，但直到2003年年底，中央才宣布在省以下实行垂直管理。这是中央政府对土地问题愈加重视的反映，是中央政府长期关注“三农”问题和土地问题的一个反映，也是对原有土地管理体制做出的一种及时调整。

土地管理部门应当实行垂直领导的管理体制，加大执法监督力度。地方各级土地管理部门只在上一级土地管理部门的领导下，负责本行政区域内的土地管理和监督工作。上一级土地管理部门对下一级土地管理部门领导的任免无须征求下一级土地管理部门所在地政府的意见。

为加强土地的中央集权化管理，一些国家建立健全了隶属国家土地管理部门垂直领导的各级土地管理机构，对地方和个人的土地利用行为进行直接有效的管理、指导和监督。如美国、新西兰、法国、日本、英国、新加坡等国家按照区域划分，逐级设置土地管理派出机构。这些机构除对辖区内的国有土地进行直接管理外，同时也负有对地方和个人所有的土地利用行为进行指导和监督的责任。还有一些国家为使各级土地管理部门更好地依法行政，将本国土地管理体制由原来的以地方分权管理为主变为以中央集权管理为主。如俄罗斯长期实行“块块为主”的土地管理机制，20世纪90年代虽进行了土地私有化，但土地管理体制却向“条条为主”转变。这些都可作为我国实行区域土地资源垂直管制的国际经验予以借鉴。

地方各级人民政府土地管理部门摆脱不了同级人民政府的领导，现行土地垂直管理体制存在的弊端就不可能根除。政府在土地利用方面的目标应和社会的长远发展目标一致，为了达到这一目的，有必要建立一个代表社会利益并关注土地资源可持续利用的机构来指导和监督政府的土地管理工作，淡化土地管理的政治色彩，弱化规划编制的行政干预。针对我国实行的省以下土地垂直管理体制所面临的区域尺度问题(省到中央并不垂直领导)，不同区域应建立此类机构代表中央对省级土地管理部门进行垂直领导以解决或协调决策部署过程中出现的问题和矛盾。以京津冀地区为例，建议在各行政区内实行垂直管理体制的基础上，由两市一省共同组建成立跨行政区域的京津冀都市圈土地资源与资产管理协调机构;逐步建立起京津冀都市圈一体化的土地资源共享机制、土地资源合作开发机制以及土地资源矛盾协调机制。