（一）对内适用效力。

公司章程和股东协议并非简单的取代关系，两者通常情况下是一种并行的关系。用于调整股东间内部权利义务关系的股东协议和公司章程，当两者在约定上产生冲突时，我们认为应当探究股东真实意思表示，而非简单的以取代关系来判定适用效力问题。

为避免不必要之争议，建议股东间如通过协议作出与公司章程不一致内容时，在协议中注明“本协议书自股东各方签章之日起生效，不因目标公司章程的签署而被取代或变更;公司章程条款与本协议内容约定不一致的，以本协议为准”。

（二）对外适用效力。

对外而言，公司章程作为对公司最为重要和基本问题作出明确规定的公众性法律文件，是公司股东以外包括债权人以及其他社会公众是其赖以了解公司的基本依据。

由于股东协议并非工商登记必备文件，因此无须经过对外公示程序，所以股东协议并不具有“对外”效力。在处理股东与第三人之间事项时，理应依据经过登记公示的公司章程相关规定来加以判断。这是商事外观主义和第三人信赖利益的必然要求和充分体现。

一、确认股东资格不存在的方式有什么

(1)当实质性证据与形式化证据发生冲突时，应优先适用形式化证据来认定股东的资格。实质性证据不具有形式化证据的特征和证明功能，只是证明某个主体有出资行为，而实际出资并不当然取得股东资格，故只有在特定情形下才作为认定股东资格的证据。如实际出资者与在公司章程或股东名册上记载的股东不一致就股东资格发生争议时，应坚持以公司章程或股东名册记载为准确认股东资格。

(2)在对内关系，即股东资格的争议发生于公司与股东、股东与股东或股份出让人与受让人之间，也就是不存在第三人时，工商登记只具有对外公示的功能和证权的效力，应当以股东名册和公司章程记载为认定股东资格的依据；如果公司章程记载与股东名册记载的内容发生冲突，原则上应坚持公司章程优先适用的原则处理，因为公司章程为社团的自治性宪章，而股东名册只是经公司章程确认的股东资格的一种记载，是由公司章程派生而来的。

(3)在对外关系上，工商登记是对抗第三人最主要的证据。公司设立时，全体股东须共同签署公司章程并经工商登记，在设立登记中记载有股东名称或姓名的人可以对抗公司、其他股东和第三人而主张其具有股东资格。同样，善意第三人完全可以仅以工商登记来认定出资人或受让人的股东资格，而不考虑其他形式条件或实质条件。这主要是为了保护善意第三人，从而保护交易的安全。