纳税人在转让建筑物或者构筑物时一并转让其所占土地的使用权的，按照销售不动产缴纳增值税。

纳税人仅转让土地使用权的，应按销售无形资产—转让土地使用权缴纳增值税，具体分以下两种情况：

(1)根据财税〔2016〕47号文件规定，纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权的原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。

(2)纳税人发生除财税〔2016〕47号文件规定情形以外的转让土地使用权行为，一般纳税人应以销售额全额按适用税率即11%计算缴纳增值税，小规模纳税人应以销售额全额按3%的征收率计算缴纳增值税。

纳税人销售不动产应如何处理？

根据《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第八款：1、一般纳税人销售其2016年4月30日前取得(不含自建)的不动产，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。

2、纳税人应按照上述计税方法在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。

3、一般纳税人销售其2016年5月1日后取得(不含自建)的不动产，应适用一般计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。纳税人应以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额，按照5%的预征率在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。

二、根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第十款：一般纳税人销售其2016年4月30日前取得的不动产(不含自建)，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。上述纳税人应以取得的全部价款和价外费用减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额，按照5%的预征率在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。

综合上面的所说的，纳税人转让土地使用权还是要根据不同的情况来进行计税，一般纳税人或是个人纳税的方式都会不一样，所以，还是要看当时的实际情况是怎么样的，按照法律规定的程序来进行计税，这样才能算是合理、合法，纳税人也才不会引起各种税务的纠纷。