有债权债务纠纷的公司是不可以直接注销的，一般还要依法经过破产清算程序。公司申请注销之前应当依法清算，以公司财产清偿公司债务。清算结束后，应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，才可以向公司登记机关申请注销。

一、股份公司清算的法律依据

公司清算的程序是：

1、成立清算组。

2、通知或公告债权人，清算组应当在成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上至少公告3次。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自第一次公告之日起九十日内，向清算组申报其债权。

3、登记债权。债权人申报期债券，应当说明债券的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。

4、制定清算方案，财产处理应依下列顺序安排：第一顺序，支付清算费用、职工工资和劳动保险费用，缴纳所欠税款，清偿公司债务;第二顺序，按第一顺序清偿后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配。公司财产在未按第一顺序清偿前，不得分配给股东。

5、确定并实施清算方案。清算组制定的清算方案，应报股东会或有关主管机关确认。确认后，清算组即可按清算方案执行。

6、清算报告。公司清算结束后，清算组应制作清算报告。

7、注销登记并公告。清算结束，应将经股东会或有关主管机关确认的清算报告及确认文件报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

二、当企业破产清算时的顺序是什么样的

首先有公司股东做出解散公司的决议，十五日内成立清算组，开始清算。

清算组应当在成立之日起三十日内通知债权人申报债权，并于六十日内在报纸公告。

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制作清算方案，必报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产优先清偿，剩余分配股东，不足以清偿的，应当向人民法院申请破产。

清算结束后清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

三、有限责任公司有权破产吗?

有限责任公司满足一定条件的情况下，是是允许破产的。根据相关规定，清算组发现有限责任公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。