专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。具体来讲（1）由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。首次享受时，需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》并报送给任职受雇单位，单位在每个月发放工资时，像“三险一金”一样，为您办理专项附加扣除。

（2）自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。一般来讲，有以下情形之一的，您可以选择在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报时进行专项附加扣除，税款多退少补；个人所得税专项附加扣除信息随纳税申报表一并报送：不愿意通过单位办理扣除，未将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位的；没有工资、薪金所得，但有劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得的；有大病医疗支出项目的；纳税年度内未享受或未足额享受专项附加扣除等情形。

如果同时有两个以上发工资的单位，那么对同一个专项附加扣除项目，在一个纳税年度内，您只能选择从其中的一个单位办理扣除。

个税专项附加扣除出台背景是什么

2018年9月6日，国务院常务会议，确定落实新修订的个人所得税法的配套措施，为广大群众减负。会议指出，要在确保2018年10月1日起如期将个税基本减除费用标准由3500元提高到5000元并适用新税率表的同时，抓紧按照让广大群众得到更多实惠的要求，明确子女教育、继续教育、大病医疗、普通住房贷款利息、住房租金、赡养老人支出6项专项附加扣除的具体范围和标准，使群众应纳税收入在减除基本费用标准的基础上，再享有教育、医疗、养老等多方面附加扣除，确保扣除后的应纳税收入起点明显高于5000元，进一步减轻群众税收负担，增加居民实际收入、增强消费能力。

《个人所得税法》第十一条

居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。

居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。

非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。