事业单位实行各项收入与支出的统一核算、统一管理，按照非应税收入与非应税支出计算的结余是“事业结余”;依权责发生制原则和配比原则计算的应税收入与应税支出的结余是“经营结余”。其中对于材料、办公用品、低值易耗品等间接费用，需科学选择分配标准，进行合理分摊。分清“应税收支”和“非应税收支”尤为重要，如果会计核算准确，那么根据国税发[1999]65号文件有关规定，事业结余就是非应税结余，经营结余就是应税结余，可以直接按照企业相同税率计算缴纳企业所得税。这是目前事业单位会计核算、纳税征缴的理想状态。事业单位能够按照业务性质严格划分应税收支和非应税收支，体现税法的公平性与合理性。但是，对于大多数事业单位来说，实际操作具有很大困难。在考虑实施的可行性和成本效益性上，多数事业单位并未达到上述要求。

现行事业单位按照财务会计制度规定实行收付实现制核算的情况下，收入支出没有一一对应关系。事业单位各项收入全部纳入单位预算，统一核算，统一管理。事业单位虽有经营性收入，但成本和费用无法按财务制度进行配比。“应税收支”和“非应税收支”不能严格区分，“非应税收入”占用“应税收入”成本现象普遍存在，致使计算企业所得税应税收入所得额得不到真实体现。因此，笔者在此会计核算基础上，分别对比例分摊法、核定征收法及参考其他国家规定的几种衍生方法优缺点进行分析。

(1)比例分摊法。

根据国税发[1999]65号文件规定，如果事业单位对于“应税收支”和“非应税收支”确实难以划分清楚，确定采取分摊比例法计算应纳税收入总额应分摊的支出项目金额。纳税单位将该核算方法报主管税务机关备案后即可执行。“分摊比例法”是指由主管税务机关根据事业单位的应纳税收入总额占该单位全部收人的比重作为分摊比例，分摊其全部支出中应当由纳税收人分摊的部分，并据以计算应纳税所得额。其计算公式为：应纳所得税额=(应税收入一应税支出)×适用税率;应税支出=支出总额x分摊比例;分摊比例=应税收入÷收入总额。这种计算方法的优点是简单易行，缺点是减弱了纳税的准确性与合理性。它不能准确反映纳税单位的实际应税收支情况，对于非应税收入较多且支出较大的事业单位，有可能多交企业所得税;同样，对于非应税收入较少且支出较大的事业单位，有可能少交企业所得税。

(2)核定征收法。

对不能严格区分“应税收支”和“非应税收支”的事业单位，也可以采用核定征收法计算企业所得税。“核定征收法”是由主管税务机关根据实际情况核定纳税人的应纳税所得额占应税收入总额的比例。其计算公式为：应纳所得税额=应纳税所得额×适用税率;应纳税所得额=应税收入×应税所得率。其中，“应税所得率”可以由主管税务机关根据不同事业单位处于不同行业的具体情况核定相应比率，也可以统一按照固定比例核定比率。

这种计算方法的优点是可以使一部分事业单位省去繁琐的税前调整过程，大大简化了所得税征纳手续，在一定程度提高税收征管效率，保证税源稳定。缺点是这种计算方法实际上是把所得税变成近似流转税的税种，使纳税人的应纳税额仅仅取决于流转额大小和所适用的应税所得率的高低，而与纳税人本身的实际成本、费用及纯收益水平无直接关系。应税所得率依赖主管税务机关核定后，在档次划分过于单一的情况下，实际收益水平存在较大差异的不同行业事业单位往往采用同一应税所得率，缺乏税负公平性。

(3)其他方法。

一是全部不缴纳企业所得税。对商业活动所得全面免税，而不考虑产生收入的活动是否与非营利目的相关。如在英国、澳大利亚、波兰等国，非营利组织的任何商业收入均可免除所得税，但前提条件是所有收入必须用于非营利目的。基于我国国情考虑，可以从两个层面来区别对待，对于“应税收支”占全部收支比例较小的事业单位，其所有收入用于非营利目的，可以参考国外“非营利组织”的有关规定，考虑全部免税。这种方式的缺点是很可能误导其投资选择，使大量资金流向营利领域，造成不公平竞争并助长逃税漏税风气。对于“应税收支”占全部收支比例较大的事业单位，可以在促进事业单位体制改革深化的前提下，使事业单位将营利业务剥离。如事业单位设立公司性质的下属单位，可将其“应税收支”业务转入下属公司运营，由下属公司按照有关规定缴纳企业所得税。这种方式的优点是从体制上将事业单位的“应税收支”和“非应税收支”分开核算，分别计税，可以提高征缴的准确性和合理性。但是这种方式只适合具有长期稳定的大比例“应税收支”的事业单位，其设立下属公司单独运营才具有可行性。

二是全额缴纳企业所得税，但适用低税率。有的国家对“非营利组织”从事的一切经济活动生成的利润实行全面征税制。如在保加利亚、印度、菲律宾等发展中国家，非营利组织从事所有商业活动生成的净收入，包括利息、股息、红利皆须缴纳所得税。该项规定虽然确保了国家税收的征缴，但它使非营利组织缺乏独立性和对外界变化的适应能力，抑制了组织规模的壮大。另外，有的国家对“非营利组织”参与营利性活动的收入给予低于企业所得税率的税收优惠。这是考虑到非营利组织的应税收入不能使私人获利，从而获得税法优惠政策的倾斜。如日本法律规定，公益团体参与营利性活动有权享受低档税率。结合以上两种思路，我国可以考虑不再区分事业单位的“应税收支”和“非应税收支”，而是直接将其全部收支相抵后计算结余，采用一个低于企业适用税率的档次征缴。适用税率由主管税务机关酌情核定。如企业所得税适用税率为25%，事业单位所得税适用税率可以为10%.这种计算方法的优点是最为简单易行，可以保证税源稳定;缺点是规定较为机械，尤其对于“非应税收支”占全部收支比例较大的事业单位，缺乏准确性与合理性。

三是允许部分应税收入免税，而超过该限额的部分则需纳税。有的国家如匈牙利，财团法人由经济活动所得净收益中可获得1000万匈牙利币或总收入的10%的免税，取两者中较高的数额予以免税，其余部分则须缴税。借鉴这种做法，我国主管税务机关可以根据事业单位收入比例调研情况，制定相应的纳税方案，既给事业单位一定税收优惠政策的倾斜，同时对于“应税收支”占全部收支比例较大的事业单位进行一定纳税征缴，从而保证税源稳定性和征缴公平性。