1、主体不同，批捕的主体是人民检察院的侦监科，起诉的主体是是由人民检察院公诉科。

2、在案件中所处的阶段不同。批捕是侦查机关(一般为公安机关)在立案侦查后，对案件的基本事实有了一定的了解，认为犯罪嫌疑人符合逮捕的条件与有逮捕的必要的，就会把案件移送到检察院侦监科申请逮捕犯罪嫌疑人，经检察院侦监科审查批捕后再移送回侦查机关继续侦查;审查起诉是侦查机关对案件侦查终结后移送到检察院公诉科请公诉科提起公诉，检察院公诉科就对这些案卷进行审查。

一、检察院批捕后的程序

检察院批捕后，公安机关继续刑事侦查。

1、对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。

2、公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。

3、人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。

4、人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

5、人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。

6、人民法院审理公诉案件，应当在受理后一个月以内宣判，至迟不得超过一个半月。

二、刑事犯罪检察院批捕后还需要什么程序

刑事犯罪检察院批捕后还需要的程序如下：

1、检察院批捕后，公安机关继续刑事侦查；

2、公安机关侦查终结；

3、人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查；

4、人民检察院作出起诉决定，向人民法院提起公诉；

5、人民法院审理公诉案件。

检察院不批捕后的程序如下：

1、对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关；

2、人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。