旷工一天扣三天工资不合法。具体为：

1、旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。

2、员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。

3、这一规定带有经济处分性质，而经济处分在本质上就是罚款。关于罚款的合法性问题，目前的主流观点是不认可罚款合法的。

对于劳动者的旷工行为下面四种方式可以选择：

1、行政处分，直至解除劳动合同。对于有旷工行为的职工，用人单位根据旷工的天数可以规定不同处分层级，比如警告、严重警告，直至解除劳动合同；

2、赔偿损失。如果因为劳动者旷工使用人单位遭受经济损失的，用人单位可以向其主张损失赔偿。比如值班人员不到岗导致单位被盗；

3、扣减绩效考核分数。比如单位可以将绩效考核分数与绩效工资挂钩，并规定旷工一天，扣减绩效考核分数5分。劳动者旷工导致绩效考核分数降低，绩效工资自然降低。

4、扣减奖金。在法律上，奖金支付属于企业自主权范畴，用人单位在制定奖金发放政策时，完全可以规定：旷工一天，免除当月全部奖金。

旷工两天能扣三天工资吗

劳动法没有旷工一天扣多少工资的规定，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。劳动者如果被扣工资了，可以向劳动监察部门投诉要求加付赔偿金或劳动仲裁要求支付工资并赔偿损失和支付经济补偿金。

《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。