运输合同纠纷较一般合同纠纷复杂，它涉及到承运人是否正确履行合同、是否造成货物毁损、是否按时运到，收货人是否履行收货义务等。从便利审判与诉讼以及存在实际联系的角度出发，运输合同纠纷由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖是适宜的。目的地是指客、货运输的最终到达地。运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖;2、如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖;3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。

一、合同纠纷的管辖权

1．因合同纠纷提起的诉讼，如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。

2．购销合同的双方当事人在合同中对交货地点有约定的，以约定的交货地点为合同履行地；没有约定的，依交货方式确定合同履行地：采用送货方式的，以货物送达地为合同履行地；采用自提方式的，以提货地为合同履行地；代办托运或按木材、煤炭送货办法送货的，以货物发运地为合同履行地。

购销合同的实际履行地点与合同中约定的交货地点不一致的，以实际履行地点为合同履行地。

3．加工承揽合同，以加工行为地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。

4．财产租赁合同、融资租赁合同以租赁物使用地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。

5．补偿贸易合同，以接受投资一方主要义务履行地为合同履行地。

6．民事诉讼法第二十五条规定的书面合同中的协议，是指合同中的协议管辖条款或者诉讼前达成的选择管辖的协议。

7．合同的双方当事人选择管辖的协议不明确或者民事诉讼法第二十五条规定的人民法院中的两个以上人民法院管辖的，选择管辖的协议无效，依照民事诉讼法第二十四条的规定确定管辖。

8．因保险合同纠纷提起的诉讼，如果保险标的物是运输工具或者运输中的货物，由被告住所地或者运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地的人民法院管辖。

9．因产品质量不合格造成他人财产、人身损害提起的诉讼，产品制造地、产品销售地、侵权行为地和被告住所地的人民法院都有管辖权。

10．铁路运输合同纠纷及与铁路运输有关的侵权纠纷，由铁路运输法院管辖。