这个要看备案的中标合同是否规定了不得中途修改协议和修改的效力，如果没有禁止的，那么，由于以后签订的合同是双方表示一致的合法行为，是有效的。

不过还有一个救济的途径，你们可查寻竣工验收的文件中，关于工程款的最后一次确定，包括合同和最终的工程造价的意思表示，上面有施工单位和建设单位，每三方中立公允方的公章的，你们可以在此寻找突破口。很大程度上可以得到向法院提供最后双方确定的造价金额的证据。

一、未取得建设审批手续的施工合同的效力如何认定？

发包人就尚未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等行政审批手续的工程，与承包人签订的建设工程施工合同无效。但在一审法庭辩论终结前发包人取得相应审批手续或者经主管部门批准建设的，应当认定合同有效。

发包人未取得建筑工程施工许可证的，不影响施工合同的效力。

二、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称《解释》)第一条第(二)项规定的“没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义”承揽建设工程(即“挂靠”)具体包括哪些情形？

具有下列情形之一的，应当认定为《解释》规定的“挂靠”行为：

(1)不具有从事建筑活动主体资格的个人、合伙组织或企业以具备从事建筑活动资格的建筑施工企业的名义承揽工程；

(2)资质等级低的建筑施工企业以资质等级高的建筑施工企业的名义承揽工程；

(3)不具有施工总承包资质的建筑施工企业以具有施工总承包资质的建筑施工企业的名义承揽工程；

(4)有资质的建筑施工企业通过名义上的联营、合作、内部承包等其他方式变相允许他人以本企业的名义承揽工程。

三、如何认定是否属于必须招标的建设工程？

《解释》第一条第(三)项规定的“必须进行招标”的建设工程的认定应当依据《中华人民共和国招标投标法》第三条的规定、《中华人民共和国招标投标法实施条例》和原国家发展计划委员会《工程建设项目招标范围和规模标准规定》的相关规定予以确定。法律、行政法规有新规定的，适用其新规定。

四、无效建设工程施工合同中的工程价款如何确定？

建设工程施工合同无效，但工程经竣工验收合格，当事人任何一方依据《解释》第二条的规定要求参照合同约定支付工程折价补偿款的，应予支持。承包人要求发包人按中国人民银行同期贷款利率支付欠付工程款利息的，应予支持。发包人以合同无效为由要求扣除工程折价补偿款中所含利润的，不予支持。