股东协议与公司章程的区别是：

一、股东协议属于任意性文件，并非设立公司的必备性文件（股份有限公司、中外合资经营企业、中外合作经营企业除外）；而公司章程是公司设立的必备性文件。《公司法》关于有限责任公司的设立规定以及关于股份有限公司的设立规定，《中外合资经营企业法》关于中外合资经营企业的设立规定，《中外合作经营企业法》关于中外合作经营企业的设立规定，均以公司章程为必备文件。

二、根据合同相对性原理，股东协议仅在签订协议的股东之间具有法律约束力，不能从根本上约束公司本身；而根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有法律约束力。

三、股东协议的订立和修改都需要当事人协商一致；而按照《公司法》的规定，公司章程的制定和修改，并不一律要求全体股东一致同意，存在依“少数服从多数”的原则来制定和修改的情况。

一、申请设立有限责任公司应提交哪些资料

申请设立有限责任公司应该提交的资料有：

1、公司法定代表人签署的设立登记申请书；

2、全体股东指定代表或共同委托代理人的证明；

3、公司章程；

4、依法设立的验资机构出具的验资证明，法律、行政法规另有规定的除外；

5、股东首次出资为非货币性财产的，应当在公司设立登记时提交已办理财产权转让手续的证明文件；

6、股东主体资格证明或自然人身份证明；

7、注明公司董事、监事、经理姓名、住所文件及有关委派、选举或聘用证明；

8、公司法定代表人的任职文件和身份证明；

9、企业名称预先核准通知书；

10、公司住所证明；

11、国家工商行政管理局要求提交的其他文件。

二、有限责任公司设立流程是怎样的

设立有限责任公司需按照以下的流程：1、订立公司章程。2、申请公司名称的预先核准。3、法律、行政法规规定需经有关部门审批的要进行报批，获得批准文件。4、向公司登记机关申请设立登记。申请设立有限责任公司的，应当向公司登记机关提交下列文件：(一)公司法定代表人签署的《公司设立登记申请书》;(二)全体股东签署的公司章程;(三)法人股东资格证明或者自然人股东身份证明及其复印件;(四)董事、监事和经理的任职文件及身份证复印件;(五)指定代表或委托代理人证明;(六)代理人身份证及其复印件;(七)住所使用证明;(八)工商局规定要求提交的其他文件。登记机关对以上资料审核通过后，即准许登记并发放营业执照。凭营业执照，到公安局指定刻章点办理：公司的刻章、财务章、合同章、法人代表章、发票章；至此，有限责任公司公司注册完成。