一、土地转让归什么部门管理？

土地流转应由县级以上农业行政主管或农村经营管理部门管理。

法律依据：

《中华人民共和国土地管理法》第九条

城市市区的土地属于国家所有。

农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。

第十条

国有土地和农民集体所有的土地，可以依法确定给单位或者个人使用。使用土地的单位和个人，有保护、管理和合理利用土地的义务。

第十一条

农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。

第十二条

土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。

依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。

二、土地转让协议书具有法律效力吗？

土地转让协议书只要符合协议有效要件即具有法律效力。

土地转让协议生效必须具备的条件是：

合同当事人具有相应的民事权利能力和民事行为能力；

合同当事人意思表示真实，不存在被胁迫、被欺诈的情形；

合同不违反法律或者社会公共利益即符合合同生效要件。

但如果法律、行政法规规定将其作为合同生效的条件时，不具备这些形式要件，合同不能生效。

法律依据

《民法典》第一百四十三条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

三、土地转让协议纠纷解决方式是什么？

1、协商

合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。

2、调解

合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3、仲裁

合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4、诉讼

如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。

针对于合同纠纷的问题，首先双方可以进行协商是否能够达成一致，如果协商不成的话还可以采取仲裁的方式来进行仲裁。如果真对于仲裁结果还不满意的话，那么最终只能够采取诉讼的方式来维护自己的权利，以此保证自利益不会受到侵害。

《中华人民共和国土地管理法》（2019修正）：第二章　房地产开发用地 第一节　土地使用权出让　　第十一条　县级以上地方人民政府出让土地使用权用于房地产开发的，须根据省级以上人民政府下达的控制指标拟订年度出让土地使用权总面积方案，按照国务院规定，报国务院或者省级人民政府批准。