1、依据的法律不同

软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》。

软件的专利保护依据《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章“涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题”。

2、保护原则不同

软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。

软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则。

3、保护客体不同

软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。

这样就有可能出现竞争对手将软件进行研究，然后改变编程语言，达到的结果是一样的，但由于代码不相同，所以不侵犯著作权。

软件专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思(注意一定要以技术方案的形式表现，或者最好能够结合硬件来表现)，包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。

4、申请通过率不同

软件著作权实行的是登记制，一般不需要经过实质审查，只要形式审查时提交的材料符合要求，并且不违反《著作权法》的规定即可获权，登记通过率极高。

软件专利需要经过形式审查和实际审查。

形式审查主要是审核专利材料是否符合申请要求，形式审查通过后就会公开，再进入实质审查，审核该专利是否符合《专利法》的要求，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求。

一般纯软件型的专利不易获权，通过软硬件结合的方式会提高其授权率，但总得来说通过率依然不高。

5、保护期限和维护费用不同

公民的作品，其法律规定的相关著作权保护期为作者有生之年加死亡后50年；法人及其它组织的作品，其法律规定的相关著作权的保护期为50年。

费用方面只会缴纳前期的申请费，后续不会有维护的费用。

一般来说软件专利只能申请发明专利，保护期限从申请日起算20年。

而发明专利每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。

6、优缺点不同

软件著作权可以不用公开就受到保护，并且能够让创作者快速地获得著作权保护，普通登记一般4个月左右授权，采用加急申请软件著作权最快能一个工作日授权。能够让著作权人快速抢占市场，拿到政府相应的资助。

软件专利必须以公开换保护，发明专利申请时间是1~2年，一般不能采取加急形式。