一、核查重点

1、纳税人变更税务登记，在股东发生变化时，主管税务机关是否及时掌握股权转让合同或协议等相关信息。

2、发生股权转让的纳税人在办理企业所得税年度申报时未按规定填写涉及股权转让相关的附表，主管税务机关汇算清缴时是否按规定进行审核。

3、纳税人重组采取特殊性税务处理，未按规定向主管税务机关备案，主管税务机关是否按一般税务处理进行调整。

4、主管税务机关是否对未满足特殊性税务处理条件的纳税人，及时按一般税务处理进行调整。

5、满足特殊性税务处理条件的企业重组业务，其非股权支付确认的收益是否按规定征收企业所得税;是否按规定确认计税基础;是否按规定亏损弥补和享受税收优惠。

6、是否建立股权转让企业所得税管理台账，对股权转让实施链条式动态管理。

7、对非居民企业股权转让，是否按规定征收预提所得税并按规定进行管理。

8、选择特殊重组后按规定采取申请确认方式的，股权转让方和受让方是异地的，各自主管税务机关之间是否建立信息沟通和传递机制。

二、核查依据

1、《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)。

2、《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)。

3、《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)。

4、《国家税务总局关于股权分置改革中上市公司取得资产及债务豁免对价收入征免所得税问题的批复》(国税函〔2009〕375号)。

5、《国家税务总局关于发布的公告》(国家税务总局公告[2010]第4号)。

6、《国家税务总局关于企业股权投资损失所得税处理问题的公告》(国家税务总局公告[2010]第6号)。

7、《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》(国家税务总局公告[2011]第024号)。

8、《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》(国家税务总局公告【2012】第27号)。

9、《国家税务总局关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》(国家税务总局公告[2013]第072号)。

10、《财政部国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)。

11、《国家税务总局关于加强股权转让企业所得税征管工作的通知》(税总函〔2014〕318号)。

12、《财政部国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》(财税〔2014〕116号)。

13、《国家税务总局关于非居民企业间接转让财产企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告[2015]第7号)。

14、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(国务院令第512号)第七十五条、第九十一条。

三、税务机关容易出现的问题

1、税务登记中发生投资方(股东)变更，未确认其中辖区内的股东企业是否存在相关股权转让所得或损失。

2、企业所得税年度纳税申报表及附表《股权投资所得(损失)明细表》(2008版)或《企业重组纳税调整明细表》(2014版)有相关数据变化，或者资产负债表中“长期股权投资”年初与年末数发生变化，未开展相应的调查应对工作等。

3、工商部门、商务部门等第三方转来明确的股权转让信息，而税务机关未对本辖区的股权转出方及时调查确认相关股权转让行为是否存在股权转让所得或损失。

4、股权(或资产)收购、合并分立等活动中发生按平价(等于账面价值)或折价(低于账面价值)转让股权的行为较为多发，对于此类股权转让价格偏低的风险，税务机关未开展相关后续管理或风险管理。

5、选择特殊性税务处理的股权转让相关重组，主管税务机关未按规定进行审核和后续管理。

四、核查资料

(一)一般性处理资料(向企业或主管税务机关获取)

1、当事各方所签订的股权(或资产)收购合同或协议、合并分立合同或协议。

2、工商部门批准的股权变更、合并分立事项证明材料。

3、商务部门批准的外商股东变更、外企合并分立等证明材料。

4、股权、资产公允价值的合法证据或资产评估报告。

5、企业相关股权、资产和负债的计税基础资料。

6、企业股权转让所得的确认计算和征收入库资料。

(二)特殊性处理资料(税务机关提供)

1、当事方的股权(资产)收购、合并分立业务总体情况说明，情况说明中应包括合理商业目的内容。

2、双方或多方所签订的股权(资产)收购、合并分立业务合同或协议。

3、当事各方的股权架构图或关联关系等证明资料。

4、工商等部门核准相关企业股权变更、合并分立事项证明材料。

5、评估机构出具的股权、资产公允价值评估报告。

6、特殊性税务处理需报送的资料：包括股权比例、资产比例、支付对价情况，以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动和原主要股东不转让所取得股权的承诺书等。

7、企业相关股权、资产和负债的计税基础资料。

(三)税务机关管理资料

1、股权转让相关企业所得税管理台账或清册。

2、股权转让信息的采集管理工作资料。

3、特殊性税务处理股权交易事项的税务机关审核资料。

五、督察方法

(一)税务机关管理资料查询

1、查询税务机关的股权转让企业所得税管理台账，掌握股权转让信息采集、案件处理和后续管理等整体状况，筛选疑点案件信息。

2、查询税务机关股权转让信息管理制度措施，税务机关从工商、商务等部门获取的第三方股权转让信息，以及从公开市场获取的股权转让信息，是否进行调查确认，筛选疑点信息。

3、查询税务机关对受理的股权转让特殊性税务处理案件的处理情况，包括各级审核资料、后续处理情况等，筛选存在明显瑕疵的疑点案件。

(二)具体案件核查方法

1、查看股权(资产)收购、合并分立合同或协议，掌握企业重组方案。

2、查看工商、商务等部门核准相关企业股权变更、合并分立事项等证明材料，确认其中本辖区内的股东是否按规定申报股权转让所得或损失。

3、查看纳税人是否提供了资产评估报告。

4、查看企业股权、资产和负债的计税基础相关资料，计税基础是否按政策规定进行确认。

5、查看股权转让收入实现的时点确认是否符合规定，资产评估报告的时点与股权转让收入实现的时点差异是否合理。

6、股权转让所得计算采用的货币币种、时点汇率等是否符合规定。

7、涉及非居民企业股权转让的，辖区内扣缴义务人是否履行扣缴义务。

8、检查符合特殊性税务处理的资料是否齐全，重点分析企业的“合理商业目的”是否存在明显不合理的情形。

9、专门从事股权(股票)投资业务的企业，不得核定征收企业所得税。通过税收征管系统核查是否存在不得核定征收的情况。

我国若干法规规定了股权转让企业所得税核查的核查依据，在这些法律依据中，可以明确看出转让股东该发生变化的纳税人需要依法径行变更税务登记，且必须合法转让。核查纳税是个繁琐的工作，也要求税务机关工作人员需要有严谨的工作态度，按照核查资料进行排除未纳税现象。