1、工程款结算纠纷处理方式如下：双方进行协商；协商不一致的话，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方可以按国家有关法律、法规和规章制度协商处理。

2、法律依据：《建设工程价款结算暂行办法》

第十一条工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：

(一)国家有关法律、法规和规章制度；

(二)国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定；

(三)建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件；

(四)其他可依据的材料。

一、工程款纠纷有哪些

1、发包方拖欠工程款违约纠纷

这种违约纠纷的特点是，工程款是可以确定的，故这种纠纷法律比较简单。这类纠纷形成的主要原因发包方没有任何正当理由违约拖欠，主要表现为的发包方无力支付工程款；发包方有支付能力无故拖欠工程款。

2、关于总包、分包问题引起的工程款纠纷

这种纠纷法律关系较为复杂。这种纠纷主要表现为承包方分包在程序上有瑕疵，发包方事后不予承认分包合同的合法性，从而引起的纠纷。

3、竣工结算报告争议引发的工程款纠纷

这种纠纷主要表现为：承包方制作结算文件递交发包方，未取得递交结算文件的证据，发包方不予答复且事后不承认收到；承包方制作结算文件递交发包方，发包方不予答复；承包方制作结算文件递交发包方，发包方不予认可而引发的工程款结算纠纷。

4、建筑材料品质之争引起的工程款纠纷

这种表现纠纷主要表现为：建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，引起结算纠纷。

5、质保金纠纷

该类纠纷主要表现为建设工程竣工后出现维修事项，承包人在保修期内履行了维修义务但无法直接取得证据，发包方事后不予承认维修事实以承包方未尽保修义务为由拒不支付工程款引发了纠纷。

6、合同瑕疵引发的工程款纠纷

合同瑕疵引发的工程款纠纷主要表现为：承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的建设工程施工合同引发合同无效纠纷。

7、包含工期延误的工程款纠纷

这类纠纷较为复杂。纠纷主要表现为发包方未能提供合格的施工进场条件、中途擅改设计、未按工程进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工、恶劣天气等原因承包方要求顺延工期未经有效确认，工程竣工后在结算方面发包方要求承包方承担工期延误责任，往往使案件变得较为复杂。