尽管以股权转让方式转让房地产项目是操作较为简便而且实践中得到广泛使用的方式，但因该股权转让的最终目的仍是转让房地产项目，涉及土地、项目等诸多重大问题，因此在以股权转让方式转让房地产项目中产生的纠纷较多。常见的有如下几种：

(一)因一方违约造成转让无法继续进行而产生的纠纷

此类纠纷是房地产项目转让实践中出现最多的一种。产生这种情况的原因多种多样，例如转让方对该房地产项目作出某种承诺，如负责办理高压线的入地且不会影响项目的建设，但在股权转让合同签署完毕，转让行为履行完毕，项目公司股东变更为受让方并办理了工商变更登记，而此时转让方却迟迟不能解决高压线入地问题，导致受让方无法继续开发该项目，就造成了转受让双方在此事上产生纠纷。

此外，普遍发生的一种纠纷是因转让方房地产项目公司股权存在瑕疵或房地产项目存在瑕疵而造成股权转让协议无法执行而产生的纠纷。如某房地产项目公司的一个股东将其所持项目公司40%的股权转让给另一公司，转受让双方约定在受让方向转让方支付定金后，对项目公司进行财务审计和法律尽职调查，如调查结束未发现问题双方签署正式股权转让协议并办理具体转让事宜。但在受让方支付了定金后，在财务审计和法律调查过程中发现转让方出资未到位，股权有瑕疵，此外该项目公司已将其持有的房地产项目与其他方进行合作，并把该项目转到了其他方设立的项目公司中，因此拟转让股权的项目公司实际已不持有该房地产项目了。这一情况导致受让方收购项目公司已没有意义，因而要求终止与转让方的股权交易，并要求收回定金。但此时转让方已是一个空壳公司，已支付的定金早已被挪作他用，根本没有能力返还定金。可见，在股权转让过程中，从受让方角度，一是在合同签订前进行法律调查和财务审计是非常重要的环节，否则很难确切了解其所购股权及项目的真实性和合法性;二是应注意股权转让纠纷中的关键点，即因一方违约造成双方股权交易不能进行的情况;三是应注意在股权转让交易中保护自身利益，除履行必要的程序外，还应设置一些相应的安全措施。比如股权转让款不是直接支付给对方，而是付到双方共管的帐号，如果出现意外，仍然能挽回损失。

(二)因项目公司原有债务和或有负债而产生的纠纷

转受让双方在协商股权转让的项目公司原有债权债务的处理时，一般对调查和审计中发现的项目公司的债务及或有负债，转受让双方会将商定的处理方法约定在股权转让合同中，但有时项目公司的一些债务及或有负债可能在调查中未被发现，这种情况出现的原因多种多样，可能是转让方刻意隐瞒，也有可能是在调查审计过程中被遗漏。而此时受让方已成为项目公司的新股东，并已通过项目公司运作房地产项目，对于新发现的负债(多为或有负债，如为他人提供过担保等)，无论原转让合同中是否有约定，一般均会导致转受让双方产生纠纷。

(三)因项目公司原对内对外签署的合同引起的纠纷

比如项目公司在股权转让时已与设计单位签订房地产项目的设计合同，根据该合同设计单位已着手进行设计，股权转让完成后受让方成为项目公司的新股东，其可能会根据自身操作房地产项目的思路和想法要委托其他设计单位进行设计，因而项目公司就需要将原设计合同终止，引起纠纷。

(四)因一方违约造成转让合同终止时受让方已投入项目资金返还问题产生的纠纷

由于转受让双方中一方违约造成股权转让合同被终止的情况下，往往股权转让交易事实上已完成，而且此时受让方往往已为该项目开发投入了很多资金，或者提供很多有利项目开发的资源，对这些投入如何返还，双方往往达不成一致，这就产生纠纷。