一是对期限规定不一致的问题，应以《行政许可法》的规定为准。

二是行政机关规定的比法定行政许可决定期间更短的期间，其符合立法本意，没有突破法律规定，与设定期限期限所要达到的高效便民目的一致，则可以拘束行政机关。但如果规章或者其他规范性文件规定长于《行政许可法》规定的期限的，则其规定无效。

三是行政许可决定期限的中断事由，《行政许可法》第45条规定了“行政机关作出行政许可决定，依法需要听证、招标、拍卖、检验、检测、检役、鉴定和专家评审的，所需时间不计算在本文规定的期限内。行政机关应当将所需时间书面告知申请人”的八种中断事由，起诉期限的计算应合理和扣除该八种情形所用时间。

四是行政机关逾期未作出行政许可决定时视为不予行政许可还是视为准予行政许可问题，应视情而定。

五是对行政机关不作为起诉期限的计算，首先应当审查申请人超过起诉期限有无正当理由，是否具备所规定的起诉期限的例外情形。

六为《行政许可法》规定的期限以工作日计算，不含法定节假日。

关于未告知行政相对人诉权或起诉期限的计算问题。

人民法院在审查经过复议而提起诉讼的案件时，如果行政复议决定或者不予受理裁决或者拒绝复议行为，未告知诉权和起诉期限的，起诉期限应当如何计算呢？

在行政诉讼法刚刚实施时，对这种情况的起诉期限应从何时开始计算的问题，存在两种不同意见：一种意见认为，告知行政相对人诉权和起诉期限并不是行政机关的法定义务，而且行政相对人自己有义务学习法律，知道如何行使诉权和起诉期限。因而，行政机关在作出具体行政行为时，未告知行政相对人诉权和起诉期限的，起诉期限应当从行政相对人知道作出具体行政行为之日起开始计算。另一种意见认为，行政诉讼的起诉期限较为复杂，要想每一个公民、法人或者其他组织都能十分清楚起诉权和起诉期限是不现实的，为了有利于保护在行政管理活动中，处于弱势一方的行政相对人的合法权益，行政机关有义务在作出具体行政行为时，告知行政相对人诉权和起诉期限。行政机关未告知行政相对人诉权和起诉期限的，起诉期限应当从行政相对人知道起诉权和起诉期限之日开始计算。

最高人民法院在制定的《贯彻意见》时，原则上采纳了后一种意见，同时考虑到行政法律关系需要尽快稳定，不能长期处于不稳定的状况，应适当规定最长起诉期限。据此《贯彻意见》第35条规定：行政机关作出具体行政行为时，未告知诉权或者起诉期限，致使当事人逾期向人民法院起诉的，其起诉期限从当事人实际知道诉权或者起诉期限时计算，但逾期的期间最长不得超过一年。该条的规定，经多年的行政审判实践证明，对保护公民、法人或者其他组织诉权方面起到了相当大的积极作用。但存在两个问题：一是行政相对人不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，起诉期限应当如何计算的问题未得到解决；二是对“逾期”如何理解，易产生混乱。最高人民法院新颁布的，自二000年三月十日起施行的《若干解释》第四十一条规定：行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或起诉期限之日起计算，但从知道或应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过二年。复议决定未告知公民、法人或其他组织诉权或起诉期限适用前款规定。第四十二条规定：公民、法人或其他组织不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，其起诉期限从知道或应当知道该具体行政行为内容之日起计算。对涉及不动产的具体行政行为从作出之日起超过20年，其他具体行政行为从作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。

根据上述规定，行政复议机关作出行政复议决定，不予受理裁决或者拒绝复议行为时，未告知行政相对人诉权或起诉期限的，起诉期限应当从行政相对人知道或者应当知道诉权或起诉期限之日起计算。