追偿机关在经过一系列的调查取证、听证等程序后，如认定相关的行政工作人员在行使职权时确实存在重大过失或故意，则可作出追偿决定。其过程应为，案件承办人员调查结束之后，应就所调查的事实和取得的证据材料进行分析判断，对案情形成一个总体的认识，撰写调查结论并提出案件的处理建议，连同所有证据材料呈报赔偿义务机关负责人批准。必要时行政赔偿义务机关负责人可以召集法制、监察、财务等部门集体讨论，确定是否应该追偿、追偿的额度和追偿的方式、期限。之后，由赔偿义务机关作出处理决定.P215)如认为符合条件则下达追偿决定书并记载于档案之中。如不符合条件，则不予追偿。赔偿义务机关是否追偿都须以书面形式送达给相关的行政机关工作人员。

追偿决定书的内容应包括事实、理由、法律依据，追偿的金额、缴纳方式、期限以及被追偿人不服追偿决定时的救济权等。为了保证追偿决定的正确与公正，同时也为了避免长官意志和人际关系对追偿决定的不良影响，在决定的方式上宜采用会议形式，与会有表决权的人员按照少数服从多数的原则作出追偿决定.而且整个会议还应有完整的记录，各人的表决意见都应记录在案。追偿决定的作出不应时间过长，以1个月为宜，自立案之日起算。重大复杂案件可延长15日，且须赔偿义务机关负责人审批。对于具体的追偿方式、追偿期限等事项，一般来说，追偿机关可与被追偿人进行协商，协商一经形成，对双方均有拘束力。这主要考虑到被追偿人的履行能力，以及协商并不会造成国家利益的损害。然而，对于追偿金的问题是否可以协商，学者们的看法则大相径庭。有的认为，追偿金额的确定应与被追偿人相协商，协商不成的，行政机关有权作出处理决定

有的学者则持反对态度，认为追偿金额只能由行政机关来确定。其理由如下：第一，追偿权不是民事权利，而是一种公权力，赔偿义务机关与其工作人员之间不具有平等的地位，因而双方也就不具有协商的基础。第二，追偿是赔偿义务机关的职责，对赔偿义务机关来说，对具有故意或重大过失的工作人员进行追偿，不仅仅是一种权力，也是一种义务。在权力行使中，没有商量的余地。第三，对于被追偿人来说，追偿是一种惩戒性的法律责任，被追偿不能与赔偿义务机关讨价还价。鉴于以上原因，在追偿中赔偿义务机关与其工作人员之间不可就追偿事宜进行协商.笔者认为，在追偿金额问题上，赔偿义务机关可以与被追偿人进行协商。毕竟，协商是一种让双方都比较容易接受的方式，可以避免矛盾的激化。当然，可以协商并不意味着追偿主体就可以违法、任意进行，而应当符合法律原则与精神的方式进行

在建设和谐社会的今天，协商结案已经是大势所趋。新修订的《国家赔偿法》第13条规定，赔偿义务机关可与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额进行协商。依法理，赔偿案件中的赔偿义务机关履行赔偿责任是一种法定的强制责任，只要相关的国家机关或其工作人员行使职权违法侵犯了公民、法人其他组织的合法权益造成损害的，都应当履行赔偿责任。这种法定的强制职责与赔偿义务应当向被追偿人行使追偿权的法定职责在性质上是一样的，因此，追偿决定的作出也是可以协商的。而且在决定追偿金额时允许被追偿人基于自己的认错态度、经济能力与赔偿义务机关交换意见，更是公民参与权的体现。我国台湾地区“国家赔偿法”第41条第3款规定，赔偿义务机关在行使追偿权时“应先与被求偿之个人或团体进行协商。”当然，除此之外，下述原因也是允许协商的理由所在：

其一，法治原则与保障的需要。对于不利行政决定的作出，出于法治与保障虑，当事人能够参与则是最好的解决方式，协商就是参与的一种形式，允许被追偿人对追偿决定提出自己的见解以供追偿权人参考是法律赋予的一项权利，能够保护其合法的财产权。其二，执行顺畅的需要。协商程序中被追偿人进行了参与，被追偿人感觉其人格尊严得到了尊重，毕竟追偿对其财产权有不利影响。这样，通过协商可以缓和双方对立情绪，促使追偿决定的早日作出，且该决定被追偿人会“乐于履行”，因为该协议已充分考虑了被追偿人的意见与承受能力。其三，不至于损害国家利益。协商只是追偿金额作出前的必经程序，如果协商不成，追偿人享有最终决定权，实现追偿权以维护国家利益。当然，通过协商达成的追偿决定如当事人在履行时表示反悔，其在协商过程中对案件事实的认可，不得在其后的相关程序中作为对其不利的证据。