合作合同纠纷的处理方式有协商、调解、仲裁、诉讼四种。当合同发生纠纷时，双方当事人可以协商解决，也可以申请调解；如果协商、调解不成或当事人不愿意协商、调解的，可以根据达成的仲裁协议申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。

合作合同纠纷怎么举证是正确的？

1、一般情况下实行“谁主张，谁举证”起诉方负责举证责任。

当事人对自己提出的主张，有责任提出证据。在一般情况下当事人需要自己举证用证据证明自己在诉讼中所提出的主张。

2、举证责任倒置。

对于某些特殊案件、在某些特殊情况下，由于提出主张的一方当事人限于客观原因难以或无法提供证据证明自己的主张，若仍采举证责任的一般规定，势必损害原告一方当事人的合法权益，难以维持公正。为此，需要作出特别规定，将引起权利发生的个别法律要件事实交由对方（否认权利存在的一方）负责举证证明其不存在，否则即推定该要件事实存在。再通俗地讲，就是将某些举证责任反过来，以下特殊情况实行举证责任倒置：

（1）因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任；

（2）高度危险作业致人损害的侵权诉讼，由加害人就受害人故意造成损害的事实承担举证责任；

（3）因环境污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任；

（4）建筑物或者其他设施以及建筑物上的搁置物、悬挂物发生倒塌、脱落、坠落致人损害的侵权诉讼，由所有人或者管理人对其无过错承担举证责任；

（5）饲养动物致人损害的侵权诉讼，由动物饲养人或者管理人就受害人有过错或者第三人有过错承担举证责任；

（6）因缺陷产品致人损害的侵权诉讼，由产品的生产者就法律规定的免责事由承担举证责任；

（7）因共同危险行为致人损害的侵权诉讼，由实施危险行为的人就其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任；

（8）因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。

有关法律对侵权诉讼的举证责任有特殊规定的，从其规定。

3、人民法院确定

在法律没有具体规定，依规定无法确定举证责任承担时，人民法院可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人举证能力等因素确定举证责任的承担。

在签订民事合同的双方当事人之间就主要的民事合同事项发生纠纷的时候，可以通过民事诉讼的方式来处理，但是需要遵守《民事诉讼法》的相关规定，比如说诉讼时效的规定、管辖权的确定等，在诉讼中，提出积极主张的当事人要承担对该积极主张的证明责任。

《中华人民共和国民法典》第二百三十三条

物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。

《中华人民共和国人民调解法》第十七条

当事人可以向人民调解委员会申请调解；人民调解委员会也可以主动调解。当事人一方明确拒绝调解的，不得调解。