单位犯罪和个人犯罪的认定主要从以下几个方面进行：1。是否是为了单位的利益，是否由单位的决策机构决定。单位决策机构产生单位意志，指挥单位行为的实施。任何单位成员在单位业务活动中根据决策机构的决定实施的行为，都应视为单位行为。单位犯罪的具体程序性，即符合单位决策程序，是与自然人盗用单位名称或擅自以单位名义犯罪不同的重要特征。因此，未经单位决策机构批准、同意或认可，单位内部成员的犯罪行为一般只能认定为自然人犯罪。同时，根据决策机构的决定实施的行为必须是单位的利益。在单位犯罪中，犯罪后的违法收入通常归单位所有，即犯罪行为产生的非法收入，受益者是单位或单位的大多数员工。在自然人犯罪中，犯罪后的违法所得多为自然人个人所有。若不是为了单位利益，而是为了谋取个人利益，则不应按单位犯罪处理。2、是否以单位名义。行为以单位名义实施是认定单位犯罪的重要因素之一，但并不是所有以单位名义实施的犯罪都是单位犯罪。以盗用单位名义实施犯罪违法所得由实施犯罪的个人私分的，依照刑法关于自然人犯罪的规定定罪处罚。因此，打着单位的幌子，以单位的名义，为个人谋取利益的违法行为，当然不能认定为单位犯罪。3、行为是否在单位成员的职务活动范围内，或者与单位的业务活动有关。单位只对其在业务范围内或与业务相关的活动范围内的行为负责。如果行为与单位业务无关，单位不应承担刑事责任。当然，单位的行为不限于登记机关批准的经营范围，也可以超出登记的经营范围。只要与单位的经营活动或人格有关，也可视为单位的行为。但是，如果与单位的业务活动没有实质性的关系，一般不应视为单位行为。

如何处理单位犯罪案件中起诉个人

根据《中华人民共和国刑法》理论，刑事审判程序的启动必须以公诉机关提起诉讼为前提。未经起诉人提请，审判不得自行主动进行。同时，审判对象应当受制于起诉人提请的范围，即未提起诉讼的事项不得审理。这就是通常所说的不理原则。检察机关只作为自然人起诉的，人民法院应当及时与检察机关协商，建议检察机关补充起诉犯罪单位。检察机关不补充起诉的，人民法院仍应当依法审理。被起诉控的犯罪事实、证据和庭审查明、证据和庭审查明的事实，依法追究单位犯罪中直接负责的主管人员或者其他直接责任人员的刑事责任，并引用刑法分则关于单位犯罪追究直接负责的主管人员和其他直接责任人的刑事责任。

《中华人民共和国刑法》第三十条

《最高人民法院关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》第一条、第二条、第三条