如果部分股东不同意公司合并，公司可以召开股东大会。公司合并决议经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过的，公司合并继续进行，反对公司合并的股东可以要求公司以合理价格收购股份。

相反，如果公司合并的决议未经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过，则公司不能合并。

两家公司合并以后需要注意哪些问题

（一）人力资源方面

1、经济补偿金

有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

（1）因用人单位有下列情形之一的，劳动者解除劳动合同的；（未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；未及时足额支付劳动报酬的；未依法为劳动者缴纳社会保险费的；用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；因以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同致使劳动合同无效的；法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。）

（2）用人单位依照本法第三十六条规定，向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；

（3）有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同的：（劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。

（4）用人单位依照企业破产法规定进行重整解除劳动合同的；

（5）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，固定合同期限届满解除固定期限劳动合同的；

（6）因用人单位被依法宣告破产的；用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的而终止劳动合同的；

（7）法律、行政法规规定的其他情形。

经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。）

2、企业员工的三项协议

（1）培训服务协议

用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。

劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。

（2）保密协议

劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

（3）竞业限制协议

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。

在解除或者终止劳动合同后，竞业限制的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。

（二）债权人的异议权

在公司合并即债务人变更的过程中，债权人享有知悉权。合并各方公司有义务向债权人告知合并的事实及其享有的异议权。我国公司法第一百八十四条也规定，公司应当自作出合并决议之日起10日内通知债权人，并在30日内在报纸上至少公告3次。我国公司法规定，对已知的债权人应进行个别通知。实践中，有的人认为，发布公告是法定义务，而通知不是强制性义务，即便发出通知也多有遗漏。也有的人认为，上市公司以公告方式进行了信息披露，即可免除其个别通知债权人的义务。这些观点都是错误的。

债权人的异议权即可以要求公司清偿债务或提供相应的担保，异议权的效力即不清偿债务或不提供担保的，公司不得合并，异议提出的期间、方法等，以及了解公司合并详细情况的渠道。如果告知的内容不详，债权人无法确认其利益末受到损害而行使异议权，反而对合并公司不利。保护债权人程序的核心是确认债权人对公司合并的异议权。如果合并公司未履行通知和公告义务，损害债权人利益。

《公司法》第四十三条，股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。