1、公司法与相关法律不协调。

第一，公司法与外商投资企业法不协调。《中华人民共和国中外合资经营企业法》(以下简称《合资企业法》)第4条和《中华人民共和国外资企业法实施细则》(以下简称《实施细则》)第19条规定，外商投资企业的组织形式为有限责任公司。而《公司法》第18条规定：“外商投资的有限责任公司适用本法，有关中外合资经营企业、中外合作经营企业、外资企业的法律另有规定的，适用其规定。“这就导致了中资有限责任公司和外商投资的有限责任公司，在适用法律上的双轨制：其一，股东出资缴纳的原则不同。中资有限责任公司股东，依照《公司法》第25条的规定实行法定资本制，即股东应当足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。而外商投资的有限责任公司股东，依照《实施细则》第31条的规定实行授权资本制，即外国投资者可以分期缴付出资，但最后一期出资应当在营业执照签发之日起3年内缴清。其二，公司机关的设置不同。中资有限责任公司按照《公司法》第37条、45条和52条的规定，一般都要设置股东会、董事会和监事会。而外商投资的有限责任公司依照《合资企业法》第6条的规定，只设董事会为公司的权力机构。

第二，公司法与证券法不协调。造成公司法与证券法不协调的主要原因是，公司法颁行时还没有证券法(1999年颁行)。所以，在制定公司法时，为规范证券的发行和交易，理应由证券法规定的法律规范，只能规定在公司法里，如股票和公司债券发行审查制度、上市公司制度等。

另外，公司法与证券法对一些问题的规定也不尽一致。如关于股份公司申请股票上市交易批准机关的问题，关于股票溢价发行价格如何确定的问题等。

2、公司法自身存在的问题。

第一，有些规定存在错误。如公司法第4条第3款规定，“公司中的国有资产所有权属于国家“，违反公司法理。

第二，有些没有明确规定。公司法规定由其他法律、法规作出规定或授权国务院作出规定的条款就各有8处。如公司法第135条规定：“国务院可以对公司发行本法规定的股票以外其他种类的股票，另行作出规定。“就股票发行种类，公司法只规定了记名股票和无记名股票两种，而其他种类的股票国务院至今没有作出过任何规定。其他类似的缺乏明确规定的条款还有第71条、80条、155条等。

第三，有些规定不易操作。如公司法第184条第3款关于公司合并的规定为：“公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。“而对合并协议的具体内容、合并协议的效力以及发生问题如何处理等都没有规定。

第四，不少规定欠完善。如公司法关于公司法人治理结构、关于股东权的保护、以及关于债权人的适度保护等问题的规定，都有待完善。

事实上，我国公司法起步本身就非常的晚，再加上内地现在的经济发展是发生了翻天覆地的变化，其实，应该说内地经济发展的步伐要比公司法快很多，可是，内地市场的经济环境是比较复杂的，这些存在的问题也需要逐步的去进行规范，我国庞大的投资市场，是需要时间加以协调巩固的。