(1)内部控制制度的审计。

现代内部控制制度不仅适合于手工操作的信息系统，同样也适合于电算化系统;不仅适合于企业单位，同样也适合于事业单位和政府部门。任何单位要想进行规范、有效的管理，必须要健全和实施内部控制制度。建立和执行内部控制制度是管理者的责任，更是单位领导者的责任。对事业单位党政领导进行经济责任审计时，首先就应查明被审计领导所在单位有无健全的内部控制制度，各项内部控制制度是否得到很好的贯彻执行，机构设置、岗位设定、职责划分、人员定位、业务处理、作业程序、资产管理、收支手续等是否符合内部控制制度的规定，有无因失控或控制不严而造成管理混乱、损失浪费、差错舞弊等现象的发生。对事业单位内部控制制度进行审计的内容主要包括管理控制和社会控制两个方面。

(2)财务收支活动是否真实、合法。

根据目前我国大多数事业单位管理状况，对事业单位进行财务收支活动审计时，应在内部控制制度一般性审计的基础上，重点查明会计控制制度建立与实施状况，即

首先要查明被审计的事业单位有无健全的会计机构和核算体系，有无必要的会计制度或会计管理规定，有无建立完善的账簿体系和会计报告体系，有无内部稽核或内部审计组织，或者有无专门从事复核与审查的人员。

其次，检查各种作业(包括会计业务处理)有无健全的操作程序和规定应办理的手续，特别在经济收支程序中有无贯彻不相容职务分离的原则，有无一个部门或一个人包揽重要经济收支的全部过程。

第三，检查各项财政、财务收支业务处理是否符合制度的规定，有无不按制度规定或绕过控制处理的现象。

第四，检查会计记录是否真实、完整地反映了经济收支事项，所记录的收支事项是否合理、合法，有无真实可靠的原始资料为依据。

第五，检查财政补助收入是否按国家规定并按预算级次反映;各项收费有无报批，是否按核定的标准执行;事业性收费收入与经营服务性收入是否分开核算;"财政专户"的未来性收费收入是否按规定缴存，有无坐支挪用现象;经营服务性收入是否按税法规定缴纳各项税费;各项收入是否按规定完整地记入各收入类账户，有无用"应付账款"类账户截留收入或私设小金库。

第六，检查各项支出是否属实，有无真实、合法的原始凭证为依据，有无无据支付或白条支付现象;对于有专门用途的收费是否按规定用途使用，有无利用收费资金给职工滥发钱物或违规建房、购车等问题，结余是否真实反映;对于支出中发现的异常现象，应重点查明，视其是否真实、合理与合法进行处理。

(3)资产、负债是否真实、完整。

目前我国不少事业单位都存在家底不清，收支不明的问题，很多单位的主要负责人并不知道自己管理的单位有多少资产，有多少债权，有多少债务，用的钱不知道来源，花的钱不知道去向。对事业单位党政领导进行经济责任审计，理应要查明党政领导所在单位的资产、负债的真实性和完整程度。

(4)各项主要经济指标完成情况的审计。

事业单位各项活动的资金来源主要是：财政补助收入、拨入专款收入、事业收入、经营收入和其他收入等。事业单位领导干部的经济责任就是管好用好国家拨付或自行组织收入取得的资金。事业单位领导干部任期经济责任审计指标主要有：资产增长率、资产保值增值率、资产负债率、经费自给率、人员支出比例、公用支出比率、业务支出比率、人均费用比率(包括人均支出比率、个人支出比率、人均公用支出比率)、收支结余率、收入增长率、专用基金增长率、资产创收率、计划完成率、招待费支出比率、违规金额比率和财务处理差错率等。

事业单位种类繁多，工作性质，任务范围各有差异，能够反映事业单位领导干部任期经济责任情况的审计指标，除了上述通用指标外，更多的是具体行业特点的审计指标。

(5)遵守财经法纪情况的审计。

审计财经法纪情况要以财务收支的真实性、合法性、效益性为载体。在审计中，如果发现财务收支不真实、有违反财经法纪情况的，应认真核实，并根据审计结果作出相应的处理和建议。构成犯罪的要移交司法部门，依法追究刑事责任;一般违反财经法纪行为的，应按国家法律、法规作出处理决定和审计建议。

(6)个人收入及廉洁自律的情况的审计。

事业单位领导干部的个人收入及廉洁自律情况是经济责任审计的主要内容。通过审计，应查明领导干部个人收入的真实性、合法性及廉洁自律情况，并作出客观、公正、实事求是的评价。