一、药品案件两个案由如何合并处罚

同一违法行为侵犯的是不同的客体，违反的是两个或者两个以上法律、法规，依照法律或者法规的规定两个或者两个以上的行政机关都有处罚权。

这种情况是法律规范之间的竞合问题。

如果按照所有触犯的法律规范分别实施处罚，就会造成重复处罚和处罚过重。

《行政处罚法》第十六条，国务院或者经国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政处罚权，但限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关行使。

二、多个案由可以合并审理吗

可以。按实际情况及相关的法律规定，对作为诉讼标的的法律关系，各个共同诉讼人必须合一确定，并且各个共同诉讼人必须一同起诉或应诉当事人才能适格的必要共同诉讼，作为诉讼标的的法律关系，各个共同诉讼人既可一同起诉或应诉，又可分别起诉或应诉，但一旦选择一同起诉或应诉，法院就可能根据实际情况及相关的法律规定进行合并审理。

法律规定

《中华人民共和国民事诉讼法》第52条第一款规定：当事人一方或者双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类、人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。

三、合并审理有哪些法律依据

合并审理的法律依据主要类型不同而分为以下几条：

（一）合并审理中的共同诉讼。我国《民事诉讼法》第五十三条规定：当事人一方或者双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类，人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。本条是关于共同诉讼的规定。

（二）合并审理中的第三人参加诉讼。《民事诉讼法》第五十六条规定：对当事人双方的诉讼标的，第三人认为有独立请求权的，有权提起诉讼。对当事人双方的诉讼标的，第三人虽然没有独立请求权，但案件处理结果同他有法律上的利害关系，可以申请参加诉讼，或者由人民法院通知他参加诉讼。本条是关于第三人参加诉讼的规定。

（三）合并审理中的反诉。《民事诉讼法》第一百二十六条规定：原告增加诉讼请求，被告提出反诉，第三人提出与本案有关的诉讼请求，可以合并审理。