在合伙合同纠纷案件需要通过协商或者诉讼的方式来进行结算，比如可以申请司法鉴定。合伙协议纠纷案件处理具体如下：

正确地把握处理合伙协议纠纷的几个基本原则

1、掌握合伙的最本质特征。

个人合伙是指两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等合伙经营、共同劳动。并要求合伙人对出资数额、盈余分配、债务承担、入伙、退伙、合伙终止等事项，订立书面协议。合伙的债务，由合伙人按照出资比例或者协议的约定，以各自的财产承担清偿责任。

2、合伙协议不允许约定一部分人只享受利益，不承担风险。

《合伙法》第三十三条规定，“合伙企业的利润和亏损，由全体合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担；合伙协议末约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。”

3、合伙人退伙，必须经过全体合伙人同意，如果不经同意，因退伙给合伙人造成损失的要赔偿。

4、全体合伙人对合伙的外部债务承担连带责任。

也就是说合伙对外有债务时，以合伙财产承担，合伙财产不足以清偿债务时，全体合伙人以自己个人财产承担责任。

5、合伙投入合伙的财产和合伙积累的财产归全体合伙人共有，共同管理，共同经营。

6、合伙的经营活动由全体合伙人共同决定，合伙人有执行和监督的权利。

7、合伙人散伙时在清理完各种税款后，清理对外债务，仍有剩余时，退还各自投资，还有财产时分取利润。

一、合伙协议纠纷案件的类型是什么？

合伙纠纷案件，原告提出的诉讼请求主要有以下几种：

1、要求给付合伙盈余款。主要针对合伙经营有赢利的情况，比如扣除原材料款、外加工款或人工工资，尚有盈余，此时要求按照出资比例分配利润。该类案件共有5件。

2、要求支付合伙垫付款或费用。在合伙期间未按出资比例实际支出，一方垫付款项较多，而合伙经营收入主要由另一方领取或控制，又不肯主动配合对帐清算的情形下，垫付较多一方提出主张。该类案件共计6件。

3、要求返还投资款或投资设备。合伙事项未按约开展，或者双方约定了投资款返还的条件时，原告提出该种请求，共计6件。

4、要求支付退火(股)款。该类案件共4件，合伙人退伙时，经协商订有书面协议，明确约定了另一方应当支付的款项金额，如另一方违约不履行，原告就提出该种请求。

5、要求支付合伙亏损补偿款。由于合伙经营发生亏损，一方支出相对较多，要求另一方按出资比例结算后补偿相应的差额。此类案件共有2件。

6、要求确认合伙协议无效或解除合伙协议，同时退还投资款。该种诉讼请求一般在合伙目的无法实现，或合伙主体资格及合伙内容有法律禁止性规定时，由受损相对较大一方提出主张。该类案件共有2件。