农产品商标与地理标志以及农产品地理标志这三个概念之间关系十分密切,研究农产品商标必须首先对这三个概念之间的关系进行探讨。研究地理标志的学者一般认为地理标志与商标是两个完全不同的概念,它们有相似之处但差异更加明显,而笔者认为地理标志是商标的下位概念,它是一种特殊的商标。商标最根本的作用是区别商品和服务的来源,这是商标的生命力所在。地理标志同样是为了区别来源而产生,这一点便决定了地理标志的本质,它实际上是一种特殊类型的商标。正如美国专利商标局的RobertStoll所言“商标和地理标志具有相同的功能,两者均是产源标志,质量和商誉的集合体。实际上将地理标志看作商标的‘子集’是完全合理的,即系于土地上的产源识别标志,质量和商业利益的集合体”。认为地理标志不属于商标的学者所持的理由主要有三个:一是认为被用做商标的标记是商标设计者的创造性劳动成果,而地理标志则直接起用地理名称来说明产品的来源。但是众所周知,的对象并不是设计者构思这个标记的创造性劳动,而是这个标记所承载的商业信誉,离开了商誉,商标就会变成毫无价值的符号,地理标志亦是如此。商标和地理标志都只是商誉的载体,它们形式上的差异并不能掩盖其本质上的同一性。二是认为商标权是一种主体唯一的权利,而地理标志权的主体则是一个集体,它由一定范围内的所有人共享。这一理由就更难成立了,和的主体同样是集体,它们也没有唯一性和专有性,但从来没有人据此把它们排除于商标范畴之外,即使是普通的商标其权利在被许可使用以后,权利主体也就不再是唯一的了。世界上许多国家,包括我国在内,都将地理标志纳入集体商标和证明商标的体系加以保护,这种作法不应仅仅被视为是立法上的权宜之计,它在理论上是有据可寻的。三是认为商标具有可转让性而地理标志则没有。这一点同样是普通商标与地理标志这种特殊商标之间的区别,同为特殊商标的集体商标与证明商标也是不具有可转让性的。由此可见,地理标志并不是脱离商标而存在的一个独立的概念,人为的将它区别于商标不仅毫无意义而且还容易造成用语上的逻辑混乱。

弄清了商标与地理标志的关系以后,农产品商标与地理标志以及农产品地理标志这三者之间的关系就容易探讨了。地理标志是商标的下位概念,但它不是农产品商标的下位概念。地理标志大多是适用于农产品之上的,地理标志的产生就是为了保护那些有特色的地方产品,这些产品特色的形成多是源自于当地独特的自然环境和人文因素,而农产品特色的形成也多是由于气候、土壤、水质等自然因素和特殊工艺、传统技术和加工方法等人文因素的培育。所谓:“橘生淮南则为橘,生于淮北则为枳,叶徒相似,其实味不同,所以然者何,水土异也”。可见,地理环境的差异对于农产品特色的形成发挥着决定性的作用。虽然地理标志与农产品有着千丝万缕的联系,然而,农产品商标的外延与地理标志的外延并不完全重合,它们有交集,这个交集是农产品地理标志,同时它们也有各自独立的部分。地理标志型农产品商标只是农产品商标中的一种类型,实践中也有许多不以地名为商标的农产品,比如“蒙-牛”、“光-明”等乳业类农产品一般不以地理标志为商标。同时,地理标志也不仅仅使用在农产品之上,瓷器、丝绸、酒类产品也可以使用地理标志以区别来源。