通常情况下应以补充协议为准，但也有例外情形，如合同生效和修改需要批准而补充协议未经批准，招投标的合同，补充协议构成对主合同的实质性变更而又未经备案的则以主合同为准。

相信在了解了居间合同补充协议与主合同的关系后，我们对于补充协议的制定和履约有了更深入的了解，居间合同补充协议作为主合同的一部分承担着重要的补充作用，在签订补充协议时建议对相应条款进行仔细斟酌，完善主合同中未明细事宜，如果涉及法律条款咨询，可以与的专业人员取得联系。

一、补充协议的内容限制

补充协议的内容具有很大的灵活性，这种方式可以随时变更合同。合同签订后是否需要签订补充协议，由双方根据合同履行实际情况决定。但是，补充协议的内容也必须受到限制。

（一）一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由。例如，在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。再比如，建设工程施工合同，在施工中如果发包方想把与之有关的小工程再发包给承包方，承包方愿意承接，双方可以就增加的工程内容签订补充协议。

（二）补充协议对主合同的多数条款不予变更。补充过多的新约定或者对主合同修改过多，则该补充协议就难以称之为补充协议。补充协议的内容非常广泛，可以是补充付款方式，也可以是补充验收程序，还可以是补充设计变更内容。在建设工程施工和设计合同中，使用补充协议的机会比较多，主要是因为在施工中或设计开始后，发包方又会有很多新问题需要承包方帮助完成，工程经常会出现变化，这时只要双方认可变更事项，履行法律变更手续即可。

（三）补充协议不能违反法律、行政法规的强制性规定。补充协议的内容有当事人自由商定，但合同双方当事人不可以利用补充协议钻法律的空子，不可以规避法律程序性规定和实质性规定。例如，在建设工程招投标中，有的招标人中标后再与招标人签订补充协议，把正式中标合同交给政府部门备案，双方私下再签订一个补充协议，擅自改变合同标的或标价，双方按补充协议执行。在中标前，投标人与招标人事先约定好，按程序中标后，投标人给招标人降低一定价格，此条件为中标条件，这样形成的中标和补充协议违背法律规定，属于无效协议。也有的合同当事人利用补充协议损害国际利益或第三方利益，这样的补充协议也当属无效。例如，合同中将较小的部分工程发包给承包方，结果双方在补充协议中签订较大工程的合同，这属于规避法律关于建设工程招标的规定。较大的工程不能采用补充协议的方式签订合同，应当按招标投标程序办理，一般来说，补充协议的内容都属于主合同遗漏的内容或依附于主合同的小项目。

二、主合同作废后补充协议有效吗

需要根据具体情况而定。如果主合同作废后，补充协议内容可独立履行的，补充协议有效；如果补充协议内容不能独立履行的，则效力待定。合同无效的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。