农村集体土地被依法征收后，应由当地的市、县国土资源局支付土地补偿费。《中华人民共和国土地管理法》实施条例第25条明确规定：“市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征用土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征用土地所在地的乡(镇)、村予以公告，听取被征用土地的农村集体经济组织和农民的意见。征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。”及第26条：“土地补偿费归农村集体经济所有”的规定，土地补偿费的支付主体为市、县国土资源局，支付对象为农村集体经济组织。有的土地承包经营户要求当地政府或占地单位支付土地补偿费的要求是错误的，而且，应支付给农村集体经济组织。

一、征地补偿费支付方式

征地补偿款应当是直接发给被征地农民和农民集体。国务院办公厅《关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知》，有条件的地方，土地补偿费、安置补偿费以及地上附着物和青苗补偿费等相关费用中应当支付给被征地农民的部分，可以根据征地补偿方案，由集体经济组织提供具体名单，通过发放记名银行卡或者存折的方式直接发放给农民。

二、征地补偿费计算方法

国家建设依法征用集体土地时付给被征地者补偿所丧失的土地权利的费用。其计算方法是：

第四十八条

征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。

征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。

征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。

征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。

县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老等社会保障体系。被征地农民的社会保障费用主要用于符合条件的被征地农民的养老保险等社会保险缴费补贴。被征地农民社会保障费用的筹集、管理和使用办法，由省、自治区、直辖市制定。