企业整体资产转让，是指一家企业(以下简称转让企业)不需要解散而将其经营活动的全部(包括所有资产和负债)或其独立核算的分支机构转让给另一家企业(以下简称接受企业)，以换取代表接受企业资本的股权(包括股份或股票等)，包括股份公司的法人股东以其经营活动的全部或其独立核算的分支机构向股份公司配购股票。实际上，整体资产转让就是一项整体资产投资活动，转让企业将自己的全部资产和负债投资后，因企业不解散，所以从事的业务也就转变为投资业务。由于投资出去的资产价值需要双方按照公允价值确认，那么资产的公允价值与账面价值之间会存在一定的价差，这部分价差是否征税就是税收需要考虑的问题。

国家税务总局《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)就企业整体资产转让的所得税处理进行了规定，企业整体资产转让原则上应在交易发生时，将其分解为按公允价值销售全部资产和进行投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。如：甲公司净资产为4000万元，其公允价值为10000万元。甲公司将整体资产转让给乙公司，取得乙公司股权支付额7000万元，同时取得现金实物资产3000万元。则甲公司该项业务应该缴纳企业所得税为：(10000-4000)×33%=1980(万元)。

但是，甲公司在这项整体资产转让过程中，也可能更多地取得乙公司股权支付额，而相应减少现金实物收入额，如上例如果甲公司获得乙公司股权支付额为9500万元，现金500万元，这种情况下，因甲公司没有获得足够的现金流入，要缴纳1980万元的税收就会产生资金上的困难。因此，为了不影响企业的重组业务，税收考虑了这种特别情况。国税发[2000]118号规定，如果企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中，除接受企业股权以外的现金、有价证券、其他资产(以下简称“非股权支付额”)不高于所支付的股权的票面价值(或股本的账面价值)20%的，经税务机关审核确认，转让企业可暂不计算确认资产转让所得或损失。

仍以上例说明，甲公司将企业整体转让给乙公司，如果获得非股权支付额为500万元，其余9500万元为股权支付，则非股权支付额占股权金额(股票面值)比例为10%，不超过20%，转让企业甲公司可暂不确认资产转让所得或损失，即可以暂时不需缴纳1980万元的所得税。但暂时不纳税并不是免税，税法规定，转让企业取得接受企业的股权的成本，应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，不得以经评估确认的价值为基础确定。甲公司获得的9500万元股权计税基础并不是9500万元，而是以原资产账面净值4000万元为基础，考虑非股权支付额以及损益因素计算确定。而乙公司接受甲公司的整体资产，则可以按照资产的评估价值作为计税基础，不必进行纳税调整。

虽然甲公司这时的整体资产转让可以暂时不需要缴纳1980万元所得税，但是由于甲公司取得了500万元的非股权支付额，这部分收入中包含了部分资产的增值，因此，按照税法规定，这部分非股权支付额对应的增值所得需要缴纳所得税。国家税务总局《关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》(国税发[2003]45号)规定，符合国家税务总局《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)和国家税务总局《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》(国税发[2000]119号)暂不确认资产转让所得的企业整体资产转让、整体资产置换、合并和分立等改组业务中，取得补价或非股权支付额的企业，应将所转让或处置资产中包含的与补价或非股权支付额相对应的增值，确认为当期应纳税所得。

因此，要计算甲公司取得500万元非股权支付额中包含的与非股权支付额相对应的增值，确认为当期应纳税所得。甲公司净资产4000万元，公允价值为10000万元，增值6000万元，取得非股权支付额500万元对应的所得：6000÷10000×500=300(万元)。甲公司应该就300万元所得缴纳所得税99万元(300×33%)。甲公司取得乙公司的长期股权投资的计税成本以账面净值4000万元为基础确定为：4000-500(非股权支付额)+300(实现的收益)=3800(万元)。假设甲公司随即将乙公司给予的股权以9500万元转让，将实现转让所得5700万元(9500-3800)，加上原非股权支付额500万元确认的300万元所得，正好等于整体资产增值6000万元。所以，整体资产转让只是暂不确认整体资产的转让所得或损失，并非免税重组。