一、管辖权异议的审查机关

首先，对刑事诉讼审判管辖权异议进行审查的机关应该是正在进行审理法院的上一级法院。这是因为必须吸取我国现行的民事、行政诉讼法中对管辖权异议审查机关规定的教训：现行民事、行政诉讼法中对管辖权异议审查机关是正在进行审判的法院。上述规定在诉讼实践中存在严重的缺陷：正在进行审判的法院由于利益驱动、地方保护主义以及其他原因，往往会找种种借口驳回申请人的请求，而申请人此时往往又会上诉，二审法院又要进行审理。这样会使当事人对法院产生严重的对立情绪，有损法院的公正形象，而且使诉讼时间人为的不合理延长，不利于诉讼效率的提高。实际上，有些国家也采取了类似做法，例如日本刑事诉讼法典第17条规定，管辖权异议“应当向直属上级法院提出转移管辖的请求。”德国刑事诉讼法典第四条第二款、第十三条第二款规定对管辖权异议“由共同的上级法院负责裁定。”因此将审判管辖权异议的审查机关赋予正在进行审理法院的上一级法院可以解决以上存在的问题，有利于诉讼的顺利、及时进行。

其次，对刑事诉讼职能管辖权异议进行审查的机关，如果管辖权异议不涉及到法院，应该是侦查机关的同级法院。原因如下：一是由于公安机关、人民检察院的上下级之间是一种领导关系，在其系统内处理与之有关的管辖权异议问题，无法彻底解决这个问题，无法得到当事人的充分信任;二是司法作为保护公民权利的最后屏障，由法院处理当事人与公安机关、人民检察院的管辖权分歧也是理所当然的，也是司法审查的应有之意;如果管辖权异议涉及到法院，则审查的机关是所涉法院的上一级法院，其理由前面已经阐述。

二、申请管辖权异议的方式

在申请管辖权异议的方式上，有些国家或地区规定必须以书面方式。例如法国刑事诉讼法典第82条就规定各诉讼方可以在侦查过程中向预审法官提出书面和附理由改变管辖的请求。日本刑事诉讼规则第2条规定：“请求指定管辖或者转移管辖，应当向管辖法院提出附理由的请求书。”我国台湾刑事诉讼法中规定当事人申请指定管辖者应以书状叙述申请理由。但我国香港《刑事程序法》第5章关于裁判法院的审判中规定被告人对法院的司法管辖权可以提出口头异议。笔者认为，我国人口众多，目前有相当多人口文化水平较低，所以考虑到我国的具体情况，我国申请管辖权异议的方式应该综合上述国家或地区的做法，以书面申请方式为主，以口头申请方式为辅助，这样才能保证各主体行使管辖权异议的及时性和方便性。另外，申请人可以向正在管辖的司法机关提出申请，然后由该司法机关将申请移送有管辖权异议审理权的法院;申请人也可以直接向有管辖权异议审理权的法院提出申请。