传染病防治失职罪立案标准是根据《人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》第二章第十八条规定，涉嫌下列情形之一的，应予立案：

1、导致甲类传染病传播的；

2、导致乙类、丙类传染病流行的；

3、因传染病传播或者流行，造成人员死亡或者残疾的；

4、因传染病传播或者流行，严重影响正常的生产、生活秩序的；

5、其他情节严重的情形。

一、有关司法解释

《关于办理妨害预防、控制突发传染病疫情等灾害的刑事案件具体应用法律若干问题的解释》

第十六条在预防、控制突发传染病疫情等灾害期间，从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员，或者在受政府卫生行政部门委托代表政府卫生行政部门行使职权的组织中从事公务的人员，或者虽未列入政府卫生行政部门人员编制但在政府卫生行政部门从事公务的人员，在代表政府卫生行政部门行使职权时，严重不负责任，导致传染病传播或者流行，情节严重的，依照刑法第四百零九条的规定，以传染病防治失职罪定罪处罚。

在国家对突发传染病疫情等灾害采取预防、控制措施后，具有下列情形之一的，属于刑法第四百零九条规定的“情节严重”：

(一)对发生突发传染病疫情等灾害的地区或者突发传染病病人、病原携带者、疑似突发传染病病人，未按照预防、控制突发传染病疫情等灾害工作规范的要求做好防疫、检疫、隔离、防护、救治等工作，或者采取的预防、控制措施不当，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的；

(二)隐瞒、缓报、谎报或者授意、指使、强令他人隐瞒、缓报、谎报疫情、灾情，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的；

(三)拒不执行突发传染病疫情等灾害应急处理指挥机构的决定、命令，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的；

(四)具有其他严重情节的。

《最高人民检察院关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》

传染病防治失职罪是指从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员严重不负责任，不履行或者不认真履行传染病防治监管职责导致传染病传播或者流行，情节严重的行为。

涉嫌下列情形之一的，应予立案：

1、导致甲类传染病传播的；

2、导致乙类、丙类传染病流行的；

3、因传染病传播或者流行，造成人员死亡或者残疾的；

4、因传染病传播或者流行，严重影响正常的生产、生活秩序的；

5、其他情节严重的情形。