合并后的公司章程修改的流程的如下：

1、由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。

2、股东会对章程修改条款进行表决。

3、公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。

4、公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案。

5、公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。

一、注册资本变更需要到税务办理哪些项目

需要到税务局备案，涉及到注册资本变更的，需要对以下材料进行更改：（一）工商登记变更表及工商营业执照；（二）纳税人变更登记内容的有关证明文件；（三）税务机关发放的原税务登记证件（登记证正、副本和登记表等）；（四）其他有关资料。

公司申请变更登记，应当向公司登记机关提交下列文件：（一）公司法定代表人签署的变更登记申请书；（二）依照公司法作出的变更决议或者决定；（三）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件；（四）涉及股权转让和交换的需要签订股权转让合同书，需要新旧股东签字；（五）变更后股东为夫妻的，需要补签夫妻财产分割证明。

二、公司需减少注册资本时，需履行哪些手续

1、必须由股东的表决通过。由董事会提出减资的具体方案，有限责任公司股东会按特别程序通过决议，股份有限公司股东大会以一般决议程序通过决议，修改公司章程。

2、公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司减少资本后的注册资本不得低于法定的最低限额。

3.履行相应的变更登记手续。公司减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记手续。公司资本的减少，将会引起公司章程的变更，因而，公司资本的减少应当向登记机关办理变更登记。