1、制定合法有效的企业规章制度

通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。所以用人单位应当制定合法有效的规章制度，建立健全加班审批管理制度，严格加班申请流程。确因工作需要进行加班的，应由所在部门将加班申请交人力资源部审核后，报公司总经理批准后才可以进行加班，规定员工非因特殊情况未经批准不得擅自在公司加班。要求员工充分利用规定的工作时间完成工作量，提高工作效率，严格控制加班。并核准员工加班工资，实行加班与绩效考核相挂钩的薪酬制度，尽量避免不必要的加班情况的发生。为了更好的向劳动者公示，用人单位也可以将加班审批制度约定在劳动合同中。

总而言之，为了避免日后劳动者与单位就规章制度是否履行了民主程序发生争议，用人单位要有证据意识，召开全体职工会议或者职工代表大会讨论规章制度时，要有会议记录，并让参加会议的职工签字;单位与工会或者职工代表协商确定规章制度时，要求工会或者代表出具相应的证明。

2、正确计算劳动者加班工资

建议用人单位在劳动合同中具体载明劳动者的工资数额，这样也避免了将来争议不清的状况。另外，企业在发放工资时，往往只是笼统地写明当月总工资。如有加班工资未明确写明，这样，员工如果有证据证明加班，仍可以主张加班费。所以加班工资一定要在工资单中单独列明，制定包含加班工资在内的工资对帐结算单，要求员工领工资时签确认单，表示对工资计算无异议，亲笔签字后才能领取当月各项工资。这样做的好处是有效保存了相关证据，避免了以后员工随便追索加班工资情况的发生。

3、注意保存加班记录

在劳动争议仲裁中加班工资这一项请求是劳动者主张比较多的。关于劳动争议中的举证责任问题，一般情况下适用《民事诉讼法》“谁主张，谁举证”的基本原则。如果证据由用人单位掌握管理的，用人单位应当提供相关证据，单位不提供的会可以认定对单位不利的事实。所以对于追讨加班工资的案件，实践中一般都是劳动者先对加班事实提供初步证据，然后由仲裁庭要求用人单位提供考勤来具体验证劳动者是否加班、加班时间以及加班费。根据目前代理的劳动案件，北京市各个区县支持的是劳动者离职前两年的加班工资。原因在于《工资支付暂行规定》第六条：“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。”这也就是说用人单位只是对加班记录有保存两年的义务。因此对于此之前是否加班的证据不负举证责任。

4、利用调休取代休息日加班费

《劳动法》第四十四条第二项规定，“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。因此，如果用人单位安排劳动者休息日加班的，有权优先选择安排劳动者补休代替支付加班费。