建设工程合同补充协议是有效的，工程建设是需要签订书面合同的，而补充协议只是主合同的补充约定，不能代替主合同，所以只签订补充协议是无效的。

《中华人民共和国民法典》

第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

第七百八十九条建设工程合同应当采用书面形式。

(一)质量要求不明确的，按照国家标准、行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。

(二)价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照规定履行。

(三)履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行；交付不动产的，在不动产所在地履行；其他标的，在履行义务一方所在地履行。

(四)履行期限不明确的，人可以随时履行，人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间。

(五)履行方式不明确的，按照有利于实现合同目的的方式履行。

一、补充协议的内容规定是什么？

1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。

2、特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同，以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的，也不能推翻原合同。

3、从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案。至于这种备案是否是强制性的，如何进行备案，目前法律上并无新增的管理规定，可以参考当地备案部门的相关要求来决定。