首先，税务机关要确认食品公司与其成立的包装厂的关系，如果包装厂是独立法人，税务机关可根据包装厂的财务核算状况单独确定其所得税征收方式，可以采取核定征收的方式。如果食品公司与其成立的包装厂是同一法人，包装厂实现的所得一并在食品公司计算缴纳所得税。那么，食品公司就不能按照两种方式计算缴纳所得税，即食品公司采取查账征收方式，而其包装厂采取核定征收方式。

根据《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉(试行)的通知》(国税发〔2008〕30号)第三条规定，纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：一是依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的;二是依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的;三是擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的;四是虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的;五是发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的;六是申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。除上述六种情形外，特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用企业所得税核定征收办法。

《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》(国税函〔2009〕377号)规定不能实行核定征收方式的“特定纳税人”包括以下类型的企业：一是享受《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和国务院规定的一项或几项企业所得税优惠政策的企业(不包括仅享受《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定免税收入优惠政策的企业);二是汇总纳税企业;三是上市公司;四是银行、信用社、小额贷款公司、保险公司、证券公司、期货公司、信托投资公司、**资产管理公司、融资租赁公司、担保公司、财务公司、典当公司等金融企业;五是会计、审计、资产评估、税务、房地产估价、土地估价、工程造价、律师、价格鉴证、公证机构、基层法律服务机构、专利代理、商标代理以及其他经济鉴证类社会中介机构;六是国家税务总局规定的其他企业。

由此可见，企业与其下属单位虽然是同一法人的，但是税法规定，对账目设置混乱或成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的企业实行核定征收。税务机关在最后认定时，要根据企业所得税纳税人的整体设置账簿的情况，而不是根据企业纳税人部分账簿设置情况是否符合查账征收条件来认定。就本例而言，企业下属单位的账目较混乱，相应影响了整个企业的账务核算。税务机关可以要求食品公司对其包装厂的财务核算进行规范，达到查账征收的要求，这样可不改变整个企业的所得税征收方式。如果食品公司所属包装厂财务核算仍达不到查账征收的条件，税务机关有权改变食品公司所得税征收方式，而不仅仅涉及其包装厂的征收方式了。