综合现行有关法律法规的规定，通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序：

1、对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同；

2、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续；

3、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续；

4、在建工程相关建设用地规划许可证、建设工程施工许可证等部分或全部建设手续的更名审批程序；

5、已签订的设计、施工、监理、银行抵押贷款、商品房预售等在建工程相关合同、协议的权利义务移转程序等。

通过股权转让方式转让在建工程的，只需签订股权转让协议并按规定办理股权转让的工商变更登记手续（外商投资企业还应办理相应股权变更审批手续）即可完成转让。由于对外的土地使用权主体和项目主体并未发生改变，因此无需进行土地使用权或资产转让所必须的相关权属变更登记程序。

一、如何办理在建工程转让？

在建工程转让应满足以下条件：

1、按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书；

2、按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的25％以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件；

3、房屋建设工程转让，应当符合下列条件：

（1）土地使用权以出让方式取得，已经支付全部的土地使用权出让金；

（2）土地使用权已依法登记并取得房地产权证书；

（3）取得建设工程规划许可证；

（4）取得建筑工程施工许可证；

（5）房屋建设的开发投资总额已经完成25％以上。

因此，只要符合上述条件，并且不违反法律的相关规定，就可以按照上述程序办理在建工程转让。

二、工程款纠纷风险的防范

总的来讲，要防范工程款纠纷应从以下几个方面入手

1、慎重选择合作伙伴。随着市场竞争的日趋激烈，一些承包企业很难揽到工程，所以对工程项目格外珍惜，这容易形成一种志在必得的心理，这种心里促使对合作伙伴诚信度考察的忽视，则往往落得干了活拿不到钱的结局。慎重选择合作伙伴是非常重要的，合作伙伴的资信能力对承包企业的权利实现是至关重要的，故必须对合作伙伴的情况要有所了解，主要包括合作伙伴的股东构成，企业信誉如何，有无违约记录，对外负债，主要固定资产现状如何，项目资金的来源、到位及监管情况等等。

2、审查建设手续。有些建设工程项目未经有关部门审批或者建设方的建设意图超越审批范围，如果承包方不问青红皂白匆忙承建此工程很可能陷于困境，为以后索要工程款造成障碍。例如，规划部门规划建五层，而发包方却想建到五层以上，这样，如果承包方按发包方意图建设，建设过程中很可能遭到规划部门勒令停工，承包方势必进入僵局。再如，规划部门规划建五层，这样，如果承包方按发包方意图把楼建设到五层以上，事后，该工程被城建规划部门勒令拆除，承包方主张五层以上部分的工程款就有了难度。

3、请专业人员把好合同关。合同是承包方实现权利的最重要的凭证，合同是否规范、表达是否准确、严密、详细对承包人来讲十分关键。有的人常常认为施工合同都是格式文本，没有什么可以发挥的。其实，这种认识是不正确的，建设部推荐的格式文本是为了双方订立合同方便、规范，但格式合同里是很多可以选择的条款，并且有些是空白条款待当事人根据自己的具体情况填写。签订合同时一定要特别注意把工程款的支付方式、支付期限及违约责任约定清楚。

4、完善施工手续。相当一部分工程款纠纷的承包方由于手续不完善，无法取得证据，给对方可乘之机。这种情况下处理纠纷就很被动。故施工过程中，手续一定要完备。比如，工程图纸设计的更改、选材的变更、施工项目的增加等变签单一定要有对方施工代表、监理的签字。