长期以来，我国刑法理论界对于我国刑法典第6条第1款规定的凡在中华人民共和国领域内犯罪的，除法律有特别规定的以外，都适用本法的理解存在普遍的错误。错误的根源是对刑法条文仅仅从字面的层面进行解读而不顾法律整体的逻辑性，错误的表现是混淆了刑法管辖权与刑法的法条关系的关系。这种错误具体表现在关于本条中除法律有特别规定的以外，都适用本法的理解，大致有以下几种：

其一，认为法律有特别规定的例外的情况包括：

（1）享有外交特权和豁免权的外国人在我国领域内犯罪的，不适用我国刑法。

（2）发生在香港、澳门特别行政区的犯罪，不适用全国性刑法。

（3）刑法典公布后又制定的特别刑法规定的犯罪。

（4）民族自治地方的变通性规定所规定的犯罪。

其二，认为法律有特别规定的例外的情况仍然包括以上四种情况，但是进一步明确这些例外的情况是指不适用刑法典的情况，属于刑法典适用的例外。

其三，将例外的情况分为不适用中国刑法（享有外交特权和豁免权的外国人在我国领域内犯罪的）、不适用全国性刑法（发生在香港、澳门特别行政区的犯罪）和不适用刑法典（特别刑法和民族自治地方的变通性规定）。

本人认为，上述几种理解均是错误的。

首先，刑法典第6条第1款规定刑法管辖权是对中国刑事管辖权的原则性规定，并不是专门对刑法典适用的规定，它既对刑法法典具有约束力，对特别刑法、民族自治地方的变通性规定仍然具有约束力。因此，本条所称的本法并不是专指刑法典，而是指我国所有的全国性刑法规范，既包括刑法典，也包括特别刑法规范，亦既无论是刑法典还是特别刑法，均适用我国刑法典关于属地原则的规定，没有例外。

从立法方式的结构上来看，我国的刑法包括刑法典和特别刑法规范，在适用时就存在普通法与特别法的关系。所谓普通法是指在一般情况下普遍适用的刑法规范。特别法是指针对普遍刑法规范所规定的同一事项，根据特殊情况作出的、内容与普通法相异的刑法规范。这种使用两个以上的条文对同一事项作出不同规定的情况，在法理上称为法条竞合。从立法意图上看，既然刑法已经规定具有普遍适用的规范，立法者又例外作出规定，就应当在适用是优先适用，否则，立法者作出的例外规定就失去了意义。

根据竞合的不同情况，我们可以把竞合关系分为总则规范的竞合与分则规范的竞合。

总则规范的竞合是指刑法典总则规定的内容，在刑法分则规范或者特别刑法规范中又有特别规定的情形。例如，我国刑法总则规定了教唆犯，刑法分则又规定了传授犯罪方法罪，行为人的行为在构成了传授犯罪方法罪的同时，就不再适用教唆犯的规定。再如我国刑法总则规定了缓刑制度，在分则中又对军人规定了战时缓刑制度，行为人符合战时缓刑适用条件时，就不再适用一般缓刑。除了刑法分则规范对刑法总则作出特别规定外，特别刑法规范也会作出与刑法总则规定不同的内容。我国刑法典第101条规定：本法总则适用于其他有刑法规定的法律，但是其他法律有特别规定的除外。这一规定，也确定了此类竞合关系的法条适用规则。

分则规范竞合是指两个以上的刑法分则规范对同一事项作出了不同规定的情形，这在刑法分则规范里是大量存在的。比如：刑法典第266规定了诈骗罪，在破坏社会主义市场经济秩序罪中又规定了合同诈骗罪和若干金融诈骗犯罪，从法条关系上看，诈骗罪是普遍适用的规范，是普通法；而合同诈骗罪和一系列的金融诈骗罪均是特殊情况下适用的规范，是特别法。在分则规范发生竞合的，如何适用法条，理论上尚有很大的争论，多数人认为可以适用两个规则即：特别法优于普通法、重法优于轻法；也有人认为只适用特别法优于普通法的规则。我们认为，从立法意图上分析，分则条文的竞合，仍然应当坚持特别法优于普通法的规则适用法条，而不能适用重法优于轻法的规则适用法条。

因此，特别刑法的规定，不能成为我国刑法属地管辖的例外，它们的适用仍然受到我国刑事管辖权的约束。

其次，法律有特别规定的含义，主要是指以下两种情况：

第一，享有外交特权和豁免权的外国人在我国领域内犯罪的，不适用我国刑法。我国刑法典第11条规定：享有外交特权和豁免权的外国人的刑事责任，通过外交途径解决。

第二，在香港特别行政区、澳门特别行政区内发生的部分犯罪行为。根据香港基本法、澳门基本法的规定，全国性的刑法不能全部在两个特别行政区适用，两个特别行政区具有最高的刑事立法权和最高的刑事司法权，两个特别行政区均有自己的刑法。

但是，在实践上，虽然两个特别行政区具有最高的刑事立法和司法权，全国性的刑法仍然存在对发生在两个特别行政区的犯罪行为适用的可能性。例如，对于内地机构派驻两个特别行政区的人员利用职务实施的犯罪行为，仍然适用全国性的刑法由内地的司法机关进行惩罚。

对于台湾地区，由于我国目前并无法律规定其例外的内容，因此，在法理层面上，该地区的犯罪仍然应当以全国性刑法予以判断，全国性刑法仍然能够适用于台湾地区。