公司转让中的债权债务纠纷，按转让协议进行处理。一般情况下，转让协议只在出让人和受让人之间有效。如公司转让已经通过公司债务人的，对公司债务人有效。公司转让经公司债权人同意的，对公司债权人有效。

一、公司转让需要注意哪些事项

公司转让时应该注意什么，这是众多公司转让时都共同面临的一个问题，在公司转让的实际操作中，公司转让人往往不注重有关转让的细节问题，随意对公司进行转让，使公司在债权债务关系不明确的情况下便被转让，这在一定程度上会损害公司股东或者债权人的合法权益，引发不必要的纠纷。因此，公司转让应尽量理清债权债务关系，并对转让的相关事宜进行较为明确的约定，具体注意事宜如下：1.审计公司财务状况，确保不存在债务问题。很多公司在转让之前，就存在没有清偿的债务，若转让公司时不谨慎查询该公司的具体情况，可能会承担难以预料的损失。2.检查公司经营状况，确保公司历史业务合理、合法。由于公司转让后，其经营活动等都是由新成立的公司承继，因此，检查公司经营状况至关重要。3.公司往年的年检是否参加。参加年检是每个公司必须进行的一项任务，不按时参加年检会影响公司后续的经营活动。4.带领专业审计人员查看公司审计报告。公司转让时也应重点注意公司的审计报告。综上，建议相关人员在负责转让公司时，无论大事小事，都应谨慎对待，避免造成不必要的损失。

二、公司转让股份要走哪些流程

公司转让股份需要走以下流程：

1、有限责任公司的股份转让分为对内部股东的股权转让和对外股权转让；

股东内部转让只需要签订股份转让协议，依法到工商登记部门办理工商登记变更即可；股东股份对外转让的，需要经过原股东同意，原股东享有优先购买权；

2、股份公司的股份转让分为记名股票转让和不记名股票的转让。

三、公司转让要什么程序

公司转让主要是将公司的股权转让给第三方，也就是股东转让其持特有的公司股权。根据我国《公司法》和相关法律法规的规定，我国有限责任公司股东转让出资一般要经过以下程序：1、股东会讨论表决欲转让出资的股东向公司董事会提出转让出资的中请，由董事会提交股东会讨论表决。2、资产评估转让出资中对涉及的国有资产和土地使用权、工业产权、专有技术等无形资产进行资产评估。3、签订转让协议4、出资证明更改及登记收回原股东的出资证明书，给受让人发新的出资证明书，并记载于股东名册。5、表决公司章程召开股东会议，表决修改公司章程，必要时变更公司董事会和监事会成员。6、工商登记注册就公司章程修改、股东及其出资变更、董事会和监事会的变更等向工商行政管理部门申请工商注册登记事项变更。7、转让出资公告必要时进行转让出资公告。