虽然特许经营也被称为特许连锁或加盟连锁，但并非所有的特许连锁或加盟连锁都构成特许经营。因此我们在辨别时，除了把握好上述四个法律特征外，更要注意它与其他相类似的经营行为的区别，这里笔者着重指出几个极易混淆的经营行为。

(一)与“直营连锁”的区别

直营连锁是指连锁公司的店铺均由公司总部全资或控股开设，在总部的直接领导下统一经营。因此，直营连锁的连锁店属于总部所有，而非独立经营的。而特许经营中，虽然被特许人的经营活动往往要受到特许人的直接支配，如在市场计划、经营体系、质量标准、店址选择、经营范围、营业时间等方面。但特许经营的双方当事人仍然是相互独立且可以自行承担法律责任的民事主体。因此，直营连锁不属于特许经营的范畴。

(二)与“特约经销”，“特约代理”，“独家经销”的区别

特许经营是总部将商标、商号、专利、经营诀窍等的使用许可和经营指导等作为组合提供给加盟商的，并由此获得加盟商支付的使用费，是一揽子服务。与此相反，特约店、代理店、专卖店是基于合同，就附有某一制造商商标的特定商品进行持续性地买入、再卖出，或者受其委托代为经销该产品。在特许经营中，必须要确保特细经营体系的统一性和产品、服务质量的一致性，即总部对加盟店的经营给予全面的指导、援助;在特约店、代理店、专卖店中，也有制造商对其进行指导、援助的，但这只不过是制造商附随商品的批发销售的二次行为，该行为自身通常不能请求支付使用费。

(三)与“OEM”贴牌生产的区别

我们所讲的贴牌生产是定牌生产的俗称，其英文简称为“OEM”(OriginalEqipmentManfactre)。目前较为典型的OEM方式是：OEM的加工方(受委托人)受OEM需求方(委托人)的委托，为其加工生产产品并贴附OEM需求方的商标，获取加工费，而自己不享有该产品的销售权。因此，从法律层面上讲，贴牌生产的性质属于加工承揽，贴牌生产中的委托人与受委托人之间是代为加工产品的关系，受委托人只负责加工生产而无权以任何形式擅自销售该产品。对外销售主体以及法律责任承担主体均为委托人，所以这类的纠纷应当以承揽合同纠纷来确定案由而非“特许经营合同纠纷”。但是如果合同中约定，受委托人不仅可以加工生产贴附有委托人商标的产品，而且还可以在一定的区域范围内享受处置权，可以销售该产品，同时受委托人是产品售出后的法律责任承担主体，则受委托人的行为应属于商标使用行为，双方签订的协议应被定性为“商标使用许可协议”。

(四)与“商标使用许可”的区别

特许经营行为中，特许权是包括商标、商号、经营模式、服务标志、专利、商业秘密、经营诀窍等权利的知识产权性质的综合性使用权，其包括但不限于商标使用许可的行为。依照我国《商标法》及其实施细则的规定，商标注册人许可他人使用其注册商标后，许可人与被许可人必须签订“商标使用许可合同”，其合同副本必须报商标局备案。同时《商业特许经营管理办法》中也规定，特许经营合同必须在签订之日起向国家商务主管部门备案。因此，在特许经营实务操作过程中，双方要分别签订《商标使用许可合同》和《特许经营合同》，但我们在判断案由上要从整体的法律关系性质考虑，如果一个行为只涉及单纯的商标使用许可，那定“商标使用许可纠纷”无疑，但如果许可的是组合的经营资源，如商标，专利，经营模式等，那笔者认为应属于“特许经营合同纠纷”。