一、补充条款的双方签字有效吗

双方补充协议只签字是否有效要看具体情况。如果是自然人的话，本人签了字但没有按手印的，该补充协议仍然有效；但是如果是公司的，就需要盖上公章，或者是根据合同约定的内容，有法定代表人的签字也有效。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

二、补充条款的法律效力

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

三、补充协议只有一方签字有效吗

补充协议需要双方签字才会产生法律效力，一方签字没有效力。

《民法典》

第四百九十条【合同成立时间】当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。

法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。

第五百零二条【合同生效时间】依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。

第五百四十三条【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。

第五百四十四条【变更不明确推定为未变更】当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

《中华人民共和国民法典》：第六章　合同的变更和转让　　第五百四十三条　当事人协商一致，可以变更合同。