土地使用证是有存档的。

农村土地使用证没档案怎么处理

首先，应该咨询土地管理局，如果系统中也没有档案的话可以找土地使用证可以找寻相关部门办理，准备好材料进行申请办理即可，如果是土地管理人员的疏忽问题可以选择进行上诉，或者选择重新提交材料进行申请。

《中华人民共和国土地管理法实施条例》

第三条国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。

土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。

土地登记资料可以公开查询。

确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《森林法》、《草原法》和《渔业法》的有关规定办理。

第四条农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。

农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。

设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。

农村土地使用证办理流程

申请

1、由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。

2、提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。3、土地权属材料(82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书;82年5月14日以后，提交农村建房使用证;97年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等)。

调查

由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。

审核

先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。

审批

经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。

集体土地使用权的内容

1、集体土地使用权的特征：

按土地用途进行分类的各项集体土地使用权可以分别对应有不同的取得方式。

(1)农用地使用权的取得方式为承包(因此又被称为“土地承包经营权”)，其中主要采用带有社会保障性质的与集体经济组织内部成员身份密切相关的家庭承包方式，此外也可采用招标、拍卖及公开协商等承包方式;

(2)宅基地使用权的取得方式为分配;

(3)非农经营用地使用权的取得方式为投资;

(4)非农公益用地使用权的取得方式为划拨。

农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设，但是符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。

2、土地承包经营权

本农村集体经济组织成员通过承包方式取得农用地使用权的，耕地的承包期限为30年，草地的承包期限为30-50年，林地的承包期限为30-70年。

(1)土地承包方案必须经村民会议2/3以上成员或者2/3以上村民代表同意。

(2)本农村集体经济组织以外的单位和个人通过承包方式取得农用地使用权的，其权利的取得，必须经村民会议2/3以上成员或者2/3以上村民代表同意，并报乡(镇)人民政府批准。

土地管理局对于土地使用证都是有存档的，在对土地进行登记后，都是可以去土地管理局的档案库中，根据自己的特有账号可以查到自己的土地登记资料。如果土地使用证丢失了或者没有存档的话，那么就需要及时联系土地管理局进行土地证的办理。