公司注销后的股东投资应作以下处理：公司以其财产清偿公司债务后，还有剩余财产的，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

一、非破产清算应该怎么进行

非破产清算的程序有：1、清算公司财产、制订清算方案。调查和清理公司财产；制订清算方案；提交股东会通过或者报主管机关确认；算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。2、了结公司债权、债务。清偿公司债务。清算组通过清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后；确认公司现有的财产和债权大于所欠债务，并且足以偿还公司全部债务时，应当按照法定的顺序向债权人清偿债务。3、分配公司剩余财产。有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配取得公司剩余财产的分配权，是公司股东权益的一项重要内容，是公司股东的基本权利。

二、财产清算顺序

公司财产能够清偿公司债务的，应按照如下顺序清偿：(1)支付清算费用。(2)支付职工工资和劳动保险费用。(3)缴纳所欠税款。(4)清偿公司债务。(5)清偿后的剩余财产按照股东的出资比例分配。公司清算中剩余财产的分配顺序，应当遵循以下规则，即有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。这里所指的剩余财产，是指公司财产按照法定的清偿顺序清偿公司债务后的剩余财产，未作清偿的不得分配。如在清算清偿过程中发现公司资不抵债的，应中止清算，依法向法院申请破产清算。

三、吊销公司营业执照的程序有哪些

吊销公司营业执照的程序如下：

1、依法成立清算组，清算公司财产；

2、以清算财产支付各种税费和债务；

3、清算后，申请公司注销登记并公告；

4、将营业执照交给公司登记机关。

《中华人民共和国公司法》第一百八十六条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。第一百八十八条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。