1、行政诉讼不适用调解，使大多数行政案件要经过判决阶段，而判决只能针对被诉具体行政行为，除行政处罚显失公正的可以变更外，通常对被诉的具体行政行为只能判决维持、撤销或作出确认判决。如果判决撤销具体行政行为，无论法院是否判决行政机关重新作出具体行政行为，行政主体依照职权均可以重新做出具体行政行为;如果一方当事人不服一审判决提出上诉，增加了纠纷解决的时间;如果对被诉具体行政行为违法的案件适用调解，可以在一审中结案。

2、不适用调解直接或间接导致了原告非自愿撤诉案件的增多。在审判实践中，大量的案件是原、被告在法院默许乃至动员下通过协调解决的;被告改变、撤销被诉的行政行为，或者作出原告要求的行为，原告认为达到诉讼目的，申请撤诉，法院准许撤诉，诉讼就此了解。

3、限制了法官主观能动性的发挥，使法官处于一种机械判案的境地。从司法实践看，不适用调解不利于行政主体与行政相对人的沟通，不利于纠纷的最终解决。

4、增加了人民法院诉讼成本和当事人的诉累。就我国行政诉讼的现实状况而言，行政诉讼步履艰难，令人堪忧。至2002年，全国法院受理行政案件总共70万余件，有的法院全年没有一起行政案件，行政庭“门可罗雀”。“民告官难”、“行政审判难”，是许多人的感慨。这种情况的出现与行政审判程序的单一性不无关系。

(二)行政诉讼适用调解的优越性

1、调解有利于当事人息诉，能够实现纠纷和矛盾的彻底解决，减少上诉、再审、申诉、缠诉等现象的发生。调解制度能缓解当事人之间的对抗，使纠纷得以彻底解决。判决固然更有利于实现的公平，但也易导致双方当事人隔阂的加深、对立情绪的加剧，相对人“赢了一时，输了一辈子”的现象也屡见不鲜，这就背离了立法的初衷。调解制度在平和友好的氛围下，通过法官的斡旋，促使双方当事人互谅互让，化干戈为玉帛，使争议不仅在法律上得以彻底解决，也在心理上得以真正消除。

2、调解有利于解决执行难问题。调解的促成便于当事人履行义务，减少了上诉环节，避免了执行难的现象，虽然调解协议的达成，并不能保证义务人即时履行或者自觉履行义务，但调解的优势是显而易见的。

3、调解有利于提高法院工作效率。调解可以较大地提高法院的审判工作效率，有利于法院资源的合理分配。同时，调解还可以在原告的诉讼请求之外一并解决更多的争议，而不必另案处理，符合法院所追求的公平与效率主题。

4、调解有利于达到良好的社会效果，保证社会稳定。保证审判的效果，维护社会稳定，既是社会各界对法院的要求，也是法院自身的需要，调解能够达到当事人无反悔、无申诉、无上访的结果，是法院的理想境界，也是社会稳定的需要。

5、调解可以降低诉讼成本，实现诉讼经济。诉讼经济原则已成为诉讼活动的一个重要原则。审判是高成本的，审判中双方当事人处于对立地位，各方为赢得诉讼，在举证与反证、立论与驳论的“诉辩拉锯战”中，需要大量的时间、精力、财力耗费。而诉讼周期的延长及上诉、申诉比例的上升，又增了国家司法资源的消耗，导致双重的高成本。调解制度的存在，则打破了这一尴尬局面，使当事人有可能以最小的诉讼代价获得最大的诉讼效益，并能有效节约司法资源。

6、调解是诉讼中的合法行为，是终结诉讼，解决纷争的重要手段。具有实质上的法律效力。调解协议与裁判文书的效力相当，可以作为强制执行的依据，改变变相调解产生的弊端。