对于卫生行政部门来说，处理的依据，是医疗事故技术鉴定委员会作出的鉴定结论。我国的医疗事故技术鉴定委员会在省、自治区分为三级，即省级医疗事故技术鉴定委员会、地区级(设区的市级)医疗事故技术鉴定委员会、县级医疗事故技术鉴定委员会;在直辖市分为二级，即市级医疗事故技术鉴定委员会、区县级医疗事故技术鉴定委员会。

医疗事故技术鉴定委员会通常由有临床经验、在当地有一定权威、作风正派的中级职称以上卫生技术人员和卫生行政管理干部若干人组成。在省、自治区、直辖市医疗事故技术鉴定委员会中，通常还要有法医参加。医疗事故技术鉴定委员会的人选由卫生行政部门提名，报同级人民政府批准。

医疗事故技术鉴定委员会负责本行政区域内的医疗事故技术鉴定工作。也就是说，省级医疗事故技术鉴定委员会负责全省(自治区、直辖市)的医疗事故技术鉴定工作;地区级(设区的市、自治区)医疗事故技术鉴定委员会负责全地区(设区的市、自治州)医疗事故技术鉴定工作;县级(县级市)医疗事故技术鉴定委员会负责全县(县级市)医疗事故技术鉴定工作。通常先由县级医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，医患双方对县级医疗事故技术鉴定委员会作出的鉴定结论没有异议的，该鉴定结论即可作为确定医疗事故的依据。如果医患双方对县级医疗事故技术鉴定委员会所作出的鉴定结论有异议时，可以向上一级医疗事故技术鉴定委员会，也就是地区级医疗事故技术鉴定委员会申请重新鉴定。医患双方对地区级医疗事故技术鉴定委员会所作出鉴定结论没有异议的，该鉴定结论即可作为确定医疗事故的依据。如果医患双方对地区级医疗事故技术鉴定委员会所作出的鉴定结论有异议时，可以向上一级医疗事故技术鉴定委员会，也就是省级医疗事故技术鉴定委员会申请重新鉴定。省级医疗事故技术鉴定委员会所作出的鉴定结论为最终鉴定。

医疗事故技术鉴定分为申请鉴定和委托鉴定两种。申请鉴定是指由病人及病人家属或者医疗机构向医疗事故技术鉴定委员会提出申请，由医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定;委托鉴定是指由卫生行政机关或者法院委托医疗事故技术鉴定委员会，由医疗事故技术鉴定委员会进行的鉴定。这两种鉴定代表了两种不同的鉴定程序。有些省、自治区、直辖市规定，凡提请卫生行政机关处理医疗事故或者，必须先经过医疗事故技术鉴定。即先向医疗事故技术鉴定委员会申请鉴定，经医疗事故技术鉴定委员会技术鉴定后，再提请卫生行政机关处理。另有些省、自治区直辖市规定，凡医疗事故技术鉴定的申请，由卫生行政机关受理。即申请医疗事故技术鉴定和提请卫生行政机关处理医疗事故两种行为合二为一，一并向卫生行政机关进行鉴定，然后根据鉴定结论作出处理决定。

申请医疗事故技术鉴定应当按规定交纳鉴定费，并提交申请书以及规定提交的其他材料和证据。申请鉴定应当提交的材料包括：

①。提交的鉴定申请书一式三份，要写明申请人姓名、性别、年龄、住址、工作单位、联系电话、与病人的关系以及病人姓名、性别、年龄、职业、住院号、住址、工作单位、事故或纠纷发生的时间等，然后提出申请鉴定的理由。曾经过医疗事故技术鉴定的要写明原鉴定结论。最后由申请人签字盖章;②申请人部位的介绍信。主要是证明申请人的身份;③陈述意见书;④或病历摘要、各种检查诊断报告单的原件或复印件;⑤进行过尸体检验的要提供报告;⑥证人证言。如有人作证，可制作证人证言。证人证言要写明证人姓名、工作单位、住址、联系电话，证明的事实要写明时间、地点、事实经过，最后由证人签字盖章或在证词上留下指纹印;⑦进行过医疗事故技术鉴定的要提供原鉴定报告书;⑧有关物证;⑨医疗事故技术鉴定委员会要求提供的其他材料。

医疗事故技术鉴定委员会受理鉴定申请后，通常要指定承办人负责输，对于材料不齐全的，要求医患双方补充材料，并对申请人提供的有关材料和医患双方补充我材料进行调查核实，在规定的时间内写出报告和摘要，报送鉴定委员会各委员，由委员会召开鉴定会。