保护改制企业小股东的合法权益的方法：

1、在公司法强制性规定的情况下，在章程中可制定更为严格的规定，以制约大股东的行为。

2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。

3、建立公司财务、政务公开制度。

4、赋予普通股东更多的知情权、调查权。

5、对公司董事、经理违反《公司法》第60条的强制性规定时，可对其作出相应的处罚措施。

小股东可以维护自身合法权益的途径有哪些

小股东可以通过以下途径维护自身合法权益：

1、股东大会的召集、主持权。董事会不能履行或者不履行召集股东大会会议职责的，监事会应当及时召集和主持；监事会不召集和主持的，连续九十日以上单独或者合计持有公司百分之十以上股份的股东可以自行召集和主持。

2、股东提案制度。合计持有公司百分之三以上股份的股东，可以在股东大会召开十日前提出临时提案并书面提交董事会。

3、累积投票制度。目的在于防止大股东利用表决权优势操纵董事、监事的选举，纠正了“一股一票”表决制度顿在的弊端。

4、加强股东知情权。股东可以查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。股东可以要求查阅公司会计账簿。

5、公司股东退出机制。有以下情形的股东可以退出：

（1）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；

（2）公司合并、分立、转让主要财产的；

（3）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。

6、股东代表诉讼制度。董事、高级管理人员有法定情形的，有限责任公司的股东连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼。

7、公司解散请求权。公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。

《公司法》第二十条，公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。