公司在合并时，首先应由各合并公司的董事会形成决定，然后相互进行谈判、磋商合并事宜并签署合同。关于公司合并的批准问题，我国《公司法》对合并权属规定是董事会可以提出方案，要使该方案生效要经股东大会做出决议。股份公司股东大会讨论并对合并问题做出决议时，须经出席股东大会股东所持表决权的2/3以上通过;有限公司股东会讨论并对合并问题做出决议时，须经代表2/3以上表决权的股东通过;国有独资公司，由公司董事会提出方案报国家授权投资的机构或授权的部门批准。上述批准仅仅是公司投资者的批准，对于股份公司的合并，我国《公司法》第183条规定须经原批准该股份公司成立的省级人民政府或国务院授权的部门批准。由于参加合并的各公司都是特定的主体，股份公司因吸收其他公司并入需要发行新股，不存在向社会公开募股的问题，故不必报证监会批准。在参加合并的各公司的股东会做出决议日的10天内，各公司均应通知其债权人，并于30日内在报纸上至少公告3次。

为了保护债权人的合法权益，法律赋予其在债务人公司合并时的实体上与程序上的抗辩权。《公司法》规定，债权人应自接到通知之日起30日内，未接到通知的自第一次公告日起90日内，有权要求债务人公司清偿债权或提供担保。债权人超过法定期限，即丧失了阻止合并的抗辩权，但其主体债权并未消亡，其债权由合并后存继的公司或新设的公司清偿。债权人认为合并后的公司更能保障其债权的实现，可放弃抗辩权而不要求立即清偿或提供担保。

签订合并协议后，合并各方应编制资产负债表及财产清单，并由存续公司或新设公司相关机构接管并入公司的财产。在吸收合并的情况下，各并入公司应组织编制其资产负债表并提交资产清单，接收公司可委派财务人员或聘用审计、会计师事务所的工作人员协助处理，查明并入公司之债权债务状况、接管财产。在新设合并的情况下，各并入公司应共同组建一个新公司的筹建机构，履行前述职责或协调各并入公司履行前述职责。如果少数股东不同意继续为存继公司或新设公司之股东，应当给其与原投资产相当之现金补偿，以实现其股份收购的请求权。继续为存续公司或新设公司股东的，则由存续公司或新设公司与之进行符合合并合同要求的比例的股票或股权证书的交换。现金支付或股票交换的比例规定过低不利于保护小股东利益的，小股东可以向法院请求予以调整。同时，需组织修订存续公司章程或制定新设公司章程并选举公司领导机构。最后，验资、进行登记并向合并各方的债权人、债务人发出通知。登记时，存续公司涉及章程内容变化的，提交修改后的章程或章程修正案并为变更登记。